生态位分化如何驱动物种形成这一科学问题将物种多样性与环境适应性二者紧密地联系在一起,是生态学与进化生物学的核心问题之一。东亚亚热带山地既是森林树种的博物馆也是其摇篮,然而我们对第三纪以来的气候改变和生态转变如何驱动该地区森林关键类群的物种形成和适应性进化还知之甚少。第三纪孑遗植物枫香树和缺萼枫香树是分布于我国亚热带山地的重要经济林树种,二者为姐妹类群,分布于不同植被类型,呈海拔替代分布,生态位分化明显,种间具有一定基因流,是研究东亚森林关键类群物种形成和生态适应的理想系统。本研究基于全基因组测序和重测序技术,利用群体基因组学方法和原理,解析了枫香树和缺萼枫香树物种形成和适应性分化的过程与机制。主要研究结果和结论如下:（1）枫香树基因组特征利用二代和三代测序技术对枫香树基因组进行高通量测序,组装基因组大小为 720.55 Mb,contig N50 和 scaffold N50 分别为 1.46 和 1.74 Mb。枫香树仅经历了一次γ全基因组复制事件,有230个基因家族发生显著扩张,201个基因受到正选择。GO富集分析结果显示,这些基因与受损DNA结合、DNA修复和响应压力相关,可能提高了枫香树的适应能力。（2）蕈树科系统发育关系和生物地理分析利用338个单拷贝直系同源基因构建了可靠的蕈树科系统发育树,结果支持蕈树科包含东亚分支和北美-西亚分支,二者的分化时间在中新世早期（21.91 Mya）;证实了枫香树和缺萼枫香树的姐妹种关系,二者的分化时间在中新世晚期（5.57Mya）。祖先性状重建表明蕈树科叶片习性从落叶到常绿的转变具有气候适应性意义。（3）枫香树和缺萼枫香树群体遗传结构和种群动态历史分析枫香树和缺萼枫香树的遗传多样性水平相当（π=4.4×10-3 vs.4.3×10-3）,均呈现明显的谱系地理结构,种间基因流较小（1.39×10-5vs.1.90×10-6）。种群动态历史分析表明两个物种在中新世晚期（5.76Mya）发生分化,在更新世晚期（枫香树:16,713 ya;缺萼枫香树:15,969ya）群体开始扩张,全新世发生二次接触（9,000 ya）。（4）枫香树和缺萼枫香树生态适应性分析ENM分析表明枫香树和缺萼枫香树最适分布区位于中国亚热带地区南部和中部,目前、末次冰期和间冰期的生态位一致性分析表明二者存在明显生态位分化。基于遗传和环境关联（Baypass）分析方法,我们鉴定了 1,773个枫香树特有基因与环境因子高度相关,这些基因的功能主要与代谢相关,而缺萼枫香树特有的8,545个与环境高度关联的基因则主要和响应强光、紫外线辐射及花发育等相关。（5）种间的基因组分化水平和增强选择枫香树和缺萼枫香树的基因组上存在多个微小的分化岛屿,这些岛屿所在的染色体区域表现出遗传多样性显著降低、Tajima’s D更偏离于0以及DXY值升高的现象,表明这些区域的形成可能与选择清除作用以及古代多态性相关。大部分（87.1%）岛屿位于枫香树基因组的低重组区域,说明高分化岛屿形成很可能与枫香树的低重组率相关。我们通过同域和异域群体的FST查找和ABB A-BAB A验证,鉴定出284个受增强选择的基因,其中有27个基因与开花时间、花粉发育和配子体形成有关,很可能在植物合子前生殖隔离中起重要作用,其它基因主要与细胞发育和增殖、新陈代谢、压力响应等有关。综上所述,晚中新世以来的冰期避难所隔离和环境异质性导致的自然选择促进了枫香树和缺萼枫香树的物种形成,种间的同域分布与冰后期种群扩张以及二次接触过程有关,并通过增强选择进一步促进了二者的合子前生殖隔离。本研究的结果不仅加深了人们对东亚森林植物多样性形成的理解,也为第三纪孑遗树木的保护和利用提供了重要理论基础。