肠道微生物,又可称之为动物有机体组成的一个“器官”,在维护寄主身体健康方面起着关键作用,其群落结构又受制于宿主的食性及种间关系等因素的影响。生活于同一地区的不同种类的动物的肠道微生物可以进行互相间传播,这种现象在越冬的候鸟中更加突出。因此,候鸟和本地动物的肠道微生物菌群结构是必须要进行关注的。大天鹅,迁徙候鸟,国家二级重点保护动物,每年11月份在我国中部的黄河三门峡天鹅湖湿地公园、东部的天津、西部的青海湖等地越冬,有可能会对当地的动物造成影响。因此,设计了通过高通量测序技术测定三门峡天鹅湖城市湿地公园越冬的大天鹅与当地笼养的黑天鹅及疣鼻天鹅的肠道菌群结构及潜在致病菌的实验,通过对越冬大天鹅与笼养黑天鹅及疣鼻天鹅的肠道菌群群落结构研究,判断大天鹅的菌群结构是否能对本地动物带来影响,并推断了其肠道内潜在的致病菌。本研究主要有以下两部分组成:第一部分:越冬大天鹅与笼养黑天鹅及疣鼻天鹅肠道菌群多样性分析通过对75份（其中,黑天鹅占20份;疣鼻天鹅30份;越冬大天鹅25份）天鹅粪便样品进行DNA的提取、验证、扩增和构建文库及上机测序,对其粪便菌群结构多样性及差异性进行分析,得到以下结果:（1）越冬大天鹅与笼养黑天鹅及疣鼻天鹅肠道微生物群落结构组成包括33个门、286个科、596个属、9721条ASV/OTU,共有的ASV/OTU占比为6.3%;能够注释到数据库的ASV/OTU数目为98.25%,门水平的比例为96.15%,纲水平的比例为95.46%,目水平的比例为92.02%,科水平的比例为87.92%,属水平的比例为67.75%,种水平的比例为15.88%。（2）在门水平上,三个品种的天鹅虽然都是以变形菌门,厚壁菌门,拟杆菌门,放线菌门为主,但是比值有较大的差异。在科水平上,三个品种的天鹅共注释出286个科,其中123个科是共有的。越冬大天鹅共注释出147个科,主要菌群是莫拉氏菌科、肠杆菌科、肠球菌科、消化链球菌科、丛毛单胞菌科、肉杆菌科、丹毒丝菌科、鞘氨醇杆菌科以及气单胞菌菌科。在属水平上,三个品种的天鹅共注释出596属,大天鹅注释了311个属,其中有201个属是三者共有。大天鹅丰度最高的属为大肠杆菌和志贺菌属,其次是不动杆菌属,往后分别是肠球菌属、鞘氨醇杆菌属、丛毛单胞菌属、乳杆菌属、嗜冷杆菌属等。三者平均丰度在前十四的是不动杆菌属、大肠杆菌和志贺菌属、肠球菌、丛毛单胞菌属、鞘氨醇杆菌属、库特氏菌属、嗜冷杆菌属、丹毒丝菌属、毛球菌属、乳杆菌属、罗姆布茨菌、拟杆菌属、葡萄球菌、螺旋菌属。越冬大天鹅肠道微生物丰度第五名的植物促生菌属不在平均丰度最高的14个属中。（3）越冬大天鹅与笼养黑天鹅及疣鼻天鹅肠道微生物菌落结构的alpha和beta多样性分析均差异显著。第二部分:越冬大天鹅与笼养黑天鹅及疣鼻天鹅肠道潜在致病菌分析以第一部分所得数据,将所有已确定的细菌种类作为搜索关键词在Pubmed上进行人工搜索,其中被认为能对人或动物具有潜在致病能力的物种挑选出来进行分析。得出以下结果:（1）越冬期大天鹅与笼养黑天鹅及疣鼻天鹅粪便中检出的潜在致病菌总数为26个,其中大天鹅检出的潜在致病菌的数量是14个,疣鼻天鹅检出的潜在致病菌数量是16个,黑天鹅检出的潜在致病菌数量是15个。（2）在越冬期大天鹅与笼养黑天鹅及疣鼻天鹅粪便中都存在的潜在病原菌有5种;越冬大天鹅、黑天鹅、疣鼻天鹅三个品种各自单独检出的潜在致病菌数分别为:4种、6种、2种,分别占据自身的比例为28.6%、40%、2.5%。（3）通过对越冬大天鹅与笼养黑天鹅及疣鼻天鹅肠道潜在致病菌的分析发现,越冬大天鹅潜在携带的主要致病菌--盲肠肠球菌对人危害不大,但可能会对周边的禽类生物造成致命的威胁。