新旧动能转换需要依靠创新驱动，而区域创新生态系统作为孕育创新的生态系统在新旧动能转换过程中能够起到支撑作用，因此本文主要研究区域创新生态系统在新旧动能转换背景下的构建及运行效率问题。
　　在国内外研究成果和生态系统理论、创新理论以及生命周期理论的基础上，采用文献分析法、系统分析法以及随机前沿分析法进行理论与实证研究。首先，本文剖析了创新对新旧动能转换的影响，分析区域创新生态系统的构成要素，并构建区域创新生态系统模型；其次，从生命周期角度对区域创新生态系统在新旧动能转化背景下的运行发展过程进行研究，并强调了政府在区域创新生态系统中的作用。最后，对山东新旧动能转换背景下的创新生态系统进行分析，收集山东省2008年-2018年数据运用随机前沿分析法计算区域创新生态系统运行效率，并研究新旧动能转换中产业结构高级化、基础设施建设、政府扶持、劳动力素质、开放经济和经济发展水平等六项因素变化对创新生态系统运行效率产生的影响。
　　研究发现：区域创新生态系统内存在三种创新群落的运行方式——核心企业主导式、高校和科研院所主导式以及中小企业集群主导式。政府在区域创新生态系统中的角色随系统运行发展由建设者和引导者转变为服务者、监督者和引导者。在测算山东省新旧动能转换先行试验区创新生态系统运行效率后，结果显示，山东省创新生态系统运行效率整体处于中等水平，并在2011年和2018年出现短期调整波动。区域之间差异较大，系统运行效率以济南和青岛为中心向外递减，山东半岛创新效率高于山东中西部地区，创新资源分配和创新能力发展不平衡。政府扶持、基础设施建设、产业结构高级化以及劳动力素质能够促进系统运行效率提升，其中产业结构高级化对系统创新效率影响最大，而经济发展水平和开放经济对系统创新效率影响不显著。
　　本文的研究结论对新旧动能转换背景下的区域创新生态系统建设提出建议，对从区域创新生态系统视角推动创新驱动新旧动能转换具有借鉴和指导意义。