小冠果蝇亚属是冠果蝇属中最大的类群，共包括了144种，其中92种分布在亚洲东部地区，我国已知有64种。本亚属已经建立了5个种团：拟鞘翅冠果蝇种团，黑缘冠果蝇种团，白水冠果蝇种团，曲叶冠果蝇种团和饰足冠果蝇种团，包括了70种小冠果蝇；但是，仍有74种小冠果蝇亚属的亲缘关系不明，即无种团所属。本研究使用线粒体的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基2 (NADH dehydrogenase subunit 2，ND2)和细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome c oxidase subunitI，CO1)基因序列作为遗传标记，采用最大简约法、邻接法和贝叶斯法，以2种冠果蝇为外群，对37种小冠果蝇进行了系发育分析；另外，在对白水冠果蝇种团的系统发育分析时，增加了核内28S rRNA基因序列信息。分析结果如下：　　 1.已经建立的五个种团是成立的，黑缘冠果蝇种团与饰足冠果蝇种团的亲缘关系明显近缘，与形态学特征观察一致，其它种团间亲缘关系仍不明了。　　 2.饰足冠果蝇种团虽然没有形成单系群，仅有勐腊冠果蝇从饰足冠果蝇种团中分离出来，但是，并没有影响这个种团的整体性，相反，可能反映了进化过程中的中间关系。　　 3.曲叶冠果蝇种团的系统发育分析结果显示，曲叶冠果蝇的物种形成一个单系群，黄唇冠果蝇和黄盾冠果蝇、黑唇冠果蝇与曲叶冠果蝇、白胸冠果蝇与黑胸冠果蝇形成姐妹种关系。　　 4.白水冠果蝇种团的物种形成一个单系群，继而分化成3个分支。分子数据反映的种间关系与形态分析结果基本一致。