实行村民自治以后，农村管理体制发生了由行政统治到社区自治的转变，全国农村普遍推行由村民参与管理的民主选举、民主决策、民主管理和民主监督的民主自治。至此，农村的权力格局发生了转变，这必然会带来乡村关系的调整。作为农村党的基层领导班子，村党支部与村委会是农村最重要的两个组织，是农村基层管理的两个“火车头”。村党支部代表党组织，其权力来源于上级党组织的授予;村委会代表村民利益，其权力来源于全体村民的授予。权力来源不同，因而出现了二者关系协调的问题。　　从农村多年实践看，完善村民自治，“两委”之间的关系问题成为人们关注的焦点。如何正确认识和处理新时期农村“两委”关系，成为加强和推进农村基层民主政治建设亟待解决的一个重要课题，对于全面贯彻党的十七大及十七届三中、四中全会精神，推进社会主义新农村建设具有重大意义。　　但从一些相关报道和调查中不难发现，在村民自治适应了农村经济体制变革和社会结构变化的需要，受到了广大农村基层干部和农民群众的欢迎的同时，由于受各种因素影响，如关系、宗族、派系和其他一些历史遗留问题等原因所产生的矛盾，导致出现一些“两委”关系不协调、“两委”班子特别是村党支部书记和村委会主任“两张皮”现象，已经发展成为农村基层民主实践中的突出矛盾，并逐渐演化为日益复杂的难点问题。它不利于推进民主政治建设，造成严重的内耗，影响农村的稳定及各项工作的开展，使村民的合法权利被虚置甚至丧失;同时，它也不利于党的路线、方针、政策在农村的贯彻和落实。因此，采取有效措施理顺“两委”关系是当前民主政治建设中一个必须认真对待、切实研究解决的问题。　　在调查中笔者发现，部分农村不同程度地存在两委关系不协调甚至冲突的情况，这不仅影响到村民自治的健康发展，而且对当前农村社会稳定和经济发展也产生了负面影响。以笔者所调查的山西省太原市小店区黄陵街道办事处为例，有的是村党支部包办村委会工作，使村委会处于从属地位，而有的则是村党支部的核心作用被弱化，以村民自治代替党支部领导，但普遍的终极表现都是村党支部书记与村委会主任之间工作不协调，产生“将相不和”的现象。究其原因，党支部、村委会职权界定的交叉、两委干部思想认识上的偏差，干部自身能力素质不高，农村自身管理不严格、上级（乡镇、街道）党委指导不到位，对农村工作监管不严格等等，既有主观原因，也有客观原因;既有传统观念的影响，也有现实利益冲突的反映。　　对此，本文以笔者工作所在的山西省太原市小店区黄陵街道办事处所辖的13个村作为样本点，认真分析了转型期农村两委关系现状、“两委”之间存在的职权矛盾和冲突表现，分析“两委”之间矛盾的生成;并立足党政关系、国家与社会关系和宏观意义三个角度，从主、客观两个方面对“两委”关系不协调的原因进行深入剖析，最后，在深入剖析两委不协调原因的基础上，为有效解决农村两委关系不协调问题，本文从制度层面、管理层面、创新角度提出了粗浅的构建转型期中国农村和谐两委关系的对策建议。　　有理由相信，农村两委关系问题仅仅是不断推进民主政治建设过程中出现的问题。随着村民自治活动的不断深入，必将极大地促进中国的民主化进行，推动我国农村政治和经济体制改革向更高、更深层次发展。只要坚持党的领导，坚定不移地推进民主政治建设，及时总结成功的经验和失败的教训，正确处理和解决民主政治建设过程中出现的各种问题，村民自治必将不断走向成熟，村两委关系也必定会走上健康运行的轨道。