随着市场经济的发展和政府职能的转变，在“全球社团革命”的影响下，非营利组织在我国迅速发展，并在弥补“政府失灵”和“市场失灵”等方面发挥着不可替代的作用。然而，非营利组织也不是万能的，在“政府失灵”和“市场失灵”的同时，非营利组织自身也存在诸多问题，其导致的诚信危机、社会责任缺失、组织效率低下甚至中饱私囊的现象层出不穷，不但不能使非营利组织福泽社会，相反却使非营利组织沦为一些人谋取私利的工具，扭曲了非营利组织的公益使命。因此，如何解决这些问题对有效发挥非营利组织的作用至关重要。本文尝试从完善非营利组织治理结构的角度来解决上述问题，其理由是：一，完善的治理结构可以激励非营利组织的决策者、执行者有效利用资源，去实现那些符合组织使命的奋斗目标；二，完善的治理结构可以保证组织内部的分权与制衡，防止内部人控制、以权谋私等违反组织宗旨和原则的行为发生；三，完善的治理结构是提高组织自律的最佳途径，它要求组织的运行符合国家法律法规以及组织的规章制度，有利于提高组织的公信力；四，完善的治理结构为非营利组织提供了详细的议事程序和规则，保证组织高效率的运行和取得高效益的结果，以更好、更快的实现组织的公益使命，促进组织的可持续发展。基于上述理由，本文在借鉴公司治理结构的基础上，结合非营利组织的特殊性，从非营利组织治理的话语背景入手，展开了对我国非营利组织治理结构的研究，具体分析了非营利组织治理结构的内涵，并运用“两权分离理论”、“委托代理理论”、“利益相关者理论”以及“经济人假设理论”探讨了非营利组织治理结构的理论基础。在理论基础研究之上，本文进一步分析了我国非营利组织治理结构的现状及原因，并以民办高校治理结构为例，分析了其存在的主要问题，以在完善我国非营利组织治理结构中做到有的放矢。为了更好的完善我国的非营利组织治理结构，本文借鉴了国外的非营利组织治理结构模式。相对我国非营利组织发展而言，国外的非营利组织的发展较为成熟，其治理结构也相对较为完善，尤其是在非营利组织发达的美国，其发展已经成为全球非营利组织借鉴的典范，基于此，本文以美国、德国、日本为例，比较分析了国外非营利组织治理结构的概况。最后根据前文分析的结果，本文以非营利组织董事会治理为基础，相应的监督机制为保障，从宏观上提出了我国非营利组织治理结构的框架，并为完善民办高校治理结构提出了相应的对策。