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精确而且高效的量子力学方法计算像蛋白质这样的大分子对理论与计算化学家来讲是当今热门的领域之一。这样的基础研究能够实际应用到蛋白质的结构，动力学行为和功能的研究。由于蛋白质体系非常的大，一般含有几千个原子以上，所以用标准的全体系量子化学方法计算蛋白质的总能量，溶解能和其他方面是不切实际的，在过去的几十年里量子化学家主要致力于线性标度方法的发展。
我们小组提出了MFCC(体系分块然后两端加上共轭基团)的线性标度方法，这个方法是把蛋白质体系分为以氨基酸为基础的片断，然后在断开的地方接上适当的比较小的分子基团。在处理蛋白质与配体的相互作用能量时，可以简化为各个蛋白质片断与配体的相互作用的简单线性组合，MFCC方法是完全线性标度的，可以用量子化学从头算的方法来计算蛋白质与小分子的相互作用能。我们的MFCC方法已经成功的应用到计算蛋白质与配体的相互作用能量，配体在蛋白质耙点的位置优化，以及应用到一些非蛋白质的大分子体系中。它是研究蛋白质与药物相互作用机理的一个很好的工具，可以用它来进行计算机辅助的药物设计。
最近，我们又应用MFCC来计算蛋白质整个体系的电子密度以及总能量。在这个方法中，我们不需要构建整个蛋白质体系的密度矩阵，也不需要对角化整个体系的Fock矩阵，而是采用分而治之的线性标度方法，而且这个方法可以应用到比Hartree—Fock和DFT更高的从头计算方法上，在测试的体系中，结果与全体系的量子化学计算结果基本吻合，我们的结果表明可以将MP2的方法应用到蛋白质的结构优化和动力学模拟中去，用MFCC方法计算蛋白质的量子溶解能计算也有很好的进展。将来，我们准备把MFCC方法应用到计算蛋白质与药物结合自有能的评分函数上。