薛瑄出生于明朝初年,其时,明王朝的皇权大厦建成不久,根基并不稳固,统治阶级除了在政治上采取一系列措施外,同时也加强在思想领域的控制,程朱理学恰逢其时地出现在专制者的视野之中,“顺其自然”地成为了明初的统治思想。在这种情况下,当时的学者几乎都是唯程朱理学马首是瞻,薛瑄自然也不例外。中国哲学以解决人的存在和人生价值为根本课题,用力于探求人与自然、主体与客体的关系上,追求“天人合一”的理想境界和一种内在的自我超越。作为集理学之大成的代表人物,朱熹建立了一套精密繁复的理学体系。在朱熹那里,“理”是最高的哲学范畴,“理”既是宇宙万物的主宰与本源,又是人类社会的最高真理和道德标准。薛瑄作为明代初中期的理学大师,从他的大多数言论和著述来看,他确是以程朱为宗,毕生强调躬行实践。但是,在其学术生涯中,薛瑄自觉不自觉地在发展、改变着朱熹哲学。因此,薛瑄在理气观、认识论等方面又与朱熹有着明显区别。在薛瑄看来,“理”已经不再是永恒的、至高无上的道德本体,而是客观的事物之理,是事物自身“脉络条理”、“理之合当如此”,也就是事物固有的规律性;薛瑄强调“心”的认识主体功能,“以心映理”,把心看成经验的认识之心,而不是先验的道德“本心”,这样,就更加强调了认识的主体性,是对朱熹理学的一大发展。另外,薛瑄的经世致用思想是对程朱理学的继承和进一步发展,并对明中叶兴起的“实学思潮”起了直接的先导作用。