褐飞虱是危害水稻的主要害虫，对水稻生产造成严重的经济损失。在农业生产上，培育褐飞虱抗性水稻品种是防治褐飞虱的重要手段之一。然而，由于水稻抗褐飞虱机制研究尚不完善，发现的褐飞虱抗性基因数目有限，给褐飞虱抗性水稻品种培育带来挑战。为发掘更多褐飞虱抗性基因，本研究对褐飞虱取食前后水稻组织进行了全转录组测序，分析了水稻组织中蛋白编码基因、miRNA和lncRNA的表达变化。研究结果如下：
　　1.水稻响应褐飞虱取食的基因表达差异研究
　　在褐飞虱取食前后水稻转录组分析中，共发现1,104个差异表达基因。从1,104个差异表达基因中随机选取20个进行定量PCR验证，其中18个基因表达变化和测序结果一致，证明了转录组分析结果可靠。KEGG和GO功能富集分析结果表明，表达上调基因主要为氧化应激、海藻糖合成、萜烯化合物合成及一些转录因子相关基因，而表达下调基因主要参与纤维素、蛋白质和脂肪酸等大分子化合物合成反应，以及胞内物质运输、能量代谢等生理过程。此外，在1,104个差异基因中，发现61个转录因子基因和13个SA和JA通路相关基因。
　　2.水稻响应褐飞虱取食的miRNA研究
　　在褐飞虱取食前后水稻sRNA测序数据中分析得到766个水稻miRNA，其中包括28个novel miRNA。对分析得到水稻的miRNA进行差异表达分析，相对于未取食的水稻，在褐飞虱取食后的水稻中得到6个差异表达的miRNAs，其中Osa-miR166e、Osa-miR-Nov-4表达上调，Osa-miR167h、Osa-miR156、Osa-miR390和Osa-miR171e表达下调。
　　3.水稻响应褐飞虱取食的lncRNA研究
　　从褐飞虱取食前后水稻转录组测序数据中预测得到6,139条水稻lncRNA，其中6,111条为新发现的lncRNA，属于lincRNA类的最多，占总数76.5%。LncRNA特征分析结果显示，lncRNA的平均外显子个数较蛋白编码基因少，平均外显子长度也更短。对lncRNA进行差异表达分析，在褐飞虱取食后的水稻中发现195条差异表达lncRNA，其中107条lncRNA表达显著上调,88条lncRNA表达显著下调。
　　本研究通过全转录组测序分析，全面、系统地分析了褐飞虱取食后水稻组织内的蛋白编码基因、miRNA和lncRNA的表达变化，其结果有助于加深水稻对褐飞虱取食的分子响应机制的理解，同时发掘出一系列差异表达的蛋白编码基因、miRNA和lncRNA，为后续功能和机制研究提供参考。