科研经费是一个国家科学技术发展的重要保证和基本条件，是科研活动赖以正常进行的决定性物质基础。随着我国的教育事业不断发展，教育规模愈加扩大，我国高校在科学研究领域扮演着十分重要的角色。大批高科技人才为高校带来了大量科研经费，与此同时，由于我国高校科研经费管理一直以来存在着一定的弊端，科研经费大量流失、利用率低等问题层出不穷。分析现行科研经费管理模式的利弊，结合高校实际特点，加强对高校科研经费使用的管理，探索适合高等学校现行发展趋势的科研经费管理模式，保证科研项目有序而高效地进行，已势在必行。　　本文通过对我国科研发展情况和高校科研经费管理现状的分析，分析并总结了我国高校科研经费管理中存在的问题及成因，再以地方省属高校 S大学为例，概述其近年来的科研发展情况和科研经费管理现状，再以其中一个863重大科研项目的科研经费相关数据为依据，分析了 S大学科研经费管理中存在的问题和成因；最后提出了高校科研经费管理优化的对策，即完善科研经费的管理办法与管理体制，提高高校财务管理水平，明确成本核算方式，借鉴发达国家的高校科研经费管理先进经验，建立动态预算、全成本核算相结合的科研经费管理评估体系，以期对高校科研经费管理问题的解决提供参考。