斑石鲷(Oplegnathus punctatus)隶属于鲈形目、石鲷科、石鲷属,俗称斑鲷,黑金鼓。凭借优良的肉质口感、营养和经济价值斑石鲷已然跻身为重要的新兴水产品种。然而,随着养殖规模的扩大,养殖密度的提高,斑石鲷与其他养殖鱼类相比易感染病毒病且致死率极高的问题更加凸显。斑石鲷具有22对常染色体和一组复性染色体(X1、X2和Y),其性别决定机制为(X1X2Y)型。其特殊的性别决定类型对丰富和提高人们对性染色体、性别决定机制和性染色体进化机制认知具有重要的意义。为了探究以上两个问题,本论文,首次完成对斑石鲷基因组进行测序、组装和比较基因组学分析,解析了其基因组结构特点,揭示了其易感染病毒病的可能的遗传基础。通过对斑石鲷不同发育时期雌雄性腺转录组分析,分析了其性腺发育的动态过程,首次确定了雌性斑石鲷的两条性染色体。通过对基因组数据的比较分析,首次发掘了一个斑石鲷雄性特异的DNA分子标记,开发了一种应用该DNA标记快速鉴定斑石鲷遗传性别的技术。(1)首次完成对斑石鲷基因组的测序和组装,最终将组装结果挂载到24条染色体。其染色体数目和大小与核型结果一致(R2=0.97)。共注释出22970个基因,功能注释和BUSCO评估表明组装和注释结果完整准确。为后续研究斑石鲷免疫抗病和性别决定分子机制奠定了基础。(2)斑石鲷比较基因组学分析表明,多个免疫相关的GO items中的基因家族发生了收缩,如蛋白质抗原结合、MHCI蛋白复合物、免疫系统过程和免疫应答等,可能是导致斑石鲷易感病毒病遗传分子基础。(3)对斑石鲷不同时期性腺转录组的比较分析发现,雌雄个体间存在大量的性别偏好SNP,表明性染色体基因发生分化。首次通过转录组数据确定了斑石鲷X1和X2两条性染色体。研究表明60日龄斑石鲷雌雄个体雌激素通路基因已经产生差异表达,此时性腺分化方向已经确定。(4)对斑石鲷雌雄小片段文库测序数据进行比较分析及PCR验证后,鉴定了一个雄性特异的18bp的插入。基于此DNA分子标记,建立了一种快速有效的遗传性别鉴定方法。为了避免假阴性现象,设计了一对雄性-雌性通用引物和雄性特异性引物进行PCR扩增。为了验证这些性别特异引物,我们利用了来自不同群体的数百条斑石鲷来鉴定它们的遗传性别,结果与它们的表型性别一致。由此表明本研究成功鉴定一个性别特异DNA标记,建立了一种基于PCR的快速检测斑石鲷遗传性别的方法。斑石鲷雄性特异DNA标记的开发,对斑石鲷人工育种、Y染色体组装和性别决定机制的进一步研究具有重要意义。这项研究首次在斑石鲷中发现了有效的性别特异性标记。