微卫星(Microsatellite)是1-6个碱基作核心，单位串联重复排列而成为的一类DNA序列。由于核心单位重复的次数不同以及重复的程度不一致而导致这些序列具有多态性。微卫星上不同长度的等位基因按孟德尔方式遗传，具有高度多态性，是种群遗传学研究中一种优良的遗传标记。本论文研究了在日本血吸虫基因组数据库中发现的17个全新的日本血吸虫微卫星位点在自安徽、江西、湖南、湖北和四川等五个省的7个流行区现场的672个日本血吸虫样本中的遗传多态性。结果发现，17个微卫星位点均呈现多态性。对江西都昌种群的这17个位点进行分析，两个样本之间的遗传距离大多为25～32，显示江西都昌种群内各个样本之间的遗传差异明显。基于等位基因频率用LIPGMA法构建了七个种群间的遗传关系谱系树，结果显示，江西都昌、安徽铜陵、湖北沙市和湖南常德为一簇，其遗传距离为0.0178～0.0363；安徽贵池和湖南岳阳为另外一簇，其遗传距离为0.0247；而四川西昌单独为一簇，与其他两簇的遗传距离为0.0192～0.0693。通过对贵池，长德，都昌三个流行区亚群的共显性基因型的遗传距离矩阵分析和对来自于单毛蚴感染的成虫样本的研究结果表明：在日本血吸虫复杂的生活史中的某个阶段可能出现了体细胞突变(Somatic mutation)。本研究可能为今后日本血吸虫病的监测和疫苗的研究提供支持。