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长江上游是生物多样性丰富区,也是长江特有鱼类栖息的生态敏感区。中华纹胸鮡属鲇形目（Siluriformes）、鮡科（Sisoridae）、纹胸鮡属（Glyptothorax）,是一种小型底栖鱼类,对生存环境有着高度依赖性和适应性,分布也较为广泛,既可生活在高山峡谷河流中,也可在平原湖泊及河流中,形成了不同的生态群,是研究生物地理学和环境适应性的良好对象。近年来长江上游水电梯级开发造成鱼类栖息地缩小和破碎化,对其生境及自然资源产生了重大影响,遗传多样性和遗传结构的研究有助于种质资源评估和保护措施的制定。根据中华纹胸鮡的分布,2017-2018年在长江上游干流[巴南（BN）、江津（JJ）、合江（HJ）、泸州（LZ）、南溪（NX）]、岷江[犍为（QW）]、金沙江中游[攀枝花（PZH）]、金沙江下游[巧家（QJ）]及支流黑水河[宁南（NN）]9个江段共采集341尾中华纹胸鮡,对中华纹胸鮡开展了群体遗传研究,主要研究结果如下:1. 采用cyt b和COI序列对长江上游、岷江、金沙江中游、金沙江下游及支流黑水河9个群体共341尾样本进行分析,结果显示:（1）遗传多样性:cyt b序列共检测到80个变异位点,定义了65个单倍型,平均单倍型多样性（Hd）和平均核苷酸多样性（Pi）分别为0.845和0.007;COI序列共检测出31个变异位点,定义了23个单倍型,Hd指数和Pi指数分别为0.774和0.005,总体呈现出较高的遗传多样性水平,金沙江群体遗传多样性（Hd:0.453,Pi:0.003）相对较低;（2）遗传结构:分子方差分析（AMOVA）得到FST﹥0.5,表明中华纹胸鮡群体发生了显著遗传分化,两两群体AMOVA分析发现长江上游干流及岷江群体之间没有发生分化,但它们与金沙江的QJ、NN和PZH群体存在显著分化;构建的NJ树、单倍型网络结构图和STRUCTURE分析均显示金沙江中游群体（PZH）、金沙江下游群体（QJ、NN）和长江上游群体（BN、JJ、HJ、LZ、NX、QW）聚类形成3个谱系。（3）种群历史:BSP分析表明,中华纹胸鮡长江上游群体在晚更新世（0.13-0.01Ma）发生了种群扩张事件,金沙江下游群体在0.0125-0Ma也检测到了扩张现象,扩张时间比长江上游群体晚,暗示金沙江出现适宜于中华纹胸鮡气候的时间更晚,与其较高海拔这一特点相符。2. 通过高通量开发了中华纹胸鮡微卫星引物,共得到29对可用于中华纹胸鮡遗传多样性引物,得到遗传多样性参数如下:平均等位基因数（Na）为14,平均期望杂合度（He）和观测杂合度（Ho）分别为0.900和0.619,多态信息含量（PIC）为0.868。选取其中的10对高多态性标记对8个地理群体（JJ、HJ、LZ、NX、QW、QJ、NN、PZH）共160个样本进行扩增,分析不同群体的遗传多样性及遗传结构,结果显示中华纹胸鮡群体平均Na在8.7-16.1之间,平均有效等位基因（Ne）在6.714-10.971范围内,平均Ho在0.297-0.503之间,平均He位于0.864-0.917之间,PIC位于0.825-0.891之间。以上结果表明,中华纹胸鮡具有较高的遗传多样性水平。FST指数及AMOVA分析显示,长江干流5个群体间未发生遗传分化,但与金沙江群体（QJ、NN、PZH）存在分化,遗传变异较弱,只有3.98%来自群体间,绝大部分来自群体内（96.02%）。基于PCo A和STRUCTURE分析显示,群体间的分化距离大小与地理分布基本一致,不同水系分布的群体间的分化更大一些,长江上游群体（JJ、HJ、LZ、NX、QW）和金沙江群体（QJ、NN、PZH）形成不同独立分支。本研究采用线粒体与微卫星分子标记对中华纹胸鮡群体遗传学进行分析,表明长江上游中华纹胸鮡遗传多样性水平较高,群体间出现了遗传分化,建议将金沙江中游、金沙江下游、长江上游群体分别视为一个进化显著单元（ESU）加以保护。金沙江下游巧家、宁南、攀枝花江段中华纹胸鮡群体遗传多样性较低,在金沙江水电工程开发过程中需要特别加以关注。