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培育饲料报酬高、瘦肉率高、背膘厚薄和肉质好的瘦肉型猪是当今猪育种发展的一个重要方向。本文选取了生物学功能已知的ADDl、NPY、CART和CCK基因作为影响猪脂肪性状的候选基因,在PCR扩增和测序获得未知内含子序列情况下,主要通过以PCR-DHPLC和DNA池结合测序方法筛查各个基因的单核苷酸多态性(SNP),确定变异的确切位置及原因,选取部分多态位点研究它在中外猪种的基因频率和基因型分布,然后在长蓝猪F2代资源家系中进行PCR-RFLP标记与肉质性状等生产性能的关联分析,找出影响猪肉质性状的DNA分子标记,为此标记应用于猪的育种实践提供理论依据。此外,还选取了已知的HSL基因第1外显子的HinlI酶切位点和MC4R基因的TaqI酶切位点,研究其在不同猪品种中的基因频率和基因型频率的分布,以及验证其与猪生产性能的相关性。主要实验成果如下:
(1)通过PCR方法获取猪ADDl、NPY、CCK和CART基因的内含子序列共15段,提交Genbank收录。
(2)主要通过以DHPLC和DNA池结合测序方法筛查了猪ADDl、NPY、CCK和CART基因的部分序列的SNP,结果如下:ADDl基因共8个SNPs,7个转换,1个颠换;其中2个在非编码区,6个在编码区,编码区内2个为同义突变,4个为错义突变。NPY基因共10个SNPs,其中9个转换,1个颠换,均在5’侧翼区。CART基因共14个SNPs,12个转换,1个颠换,1个插入/缺失;其中2个在编码区为同义突变,12个在非编码区。CCK基因(CCK2引物)没有检测到突变。
(3)首次发现猪ADDl基因DQ442276S3序列中第313位C-*T突变而产生Eamll04I酶切位点,在8个中外猪种共368头中检测其基因型和基因频率的分布:长白猪和皮特兰猪的CC基因型频率明显高于中国猪种;长白猪只检测到CC基因型;长白猪和皮特兰猪的等位基因c的频率比中国猪种的高。在长蓝猪F2代资源家系进行此标记与性状的关联分析,发现此标记可能与屠宰率和皮脂率相关,与其他胴体性状和肉质性状相关性不大。
(4)在376头9个中外猪种中检测了HSL基因第1外显子的HinlI酶切位点多态分布:皮特兰猪和长白猪没检测到AA基因型;玉山黑猪和隆林猪表现为较多的AA基因型和AG基因型以及少量的GG基因型。在长蓝猪F2代资源家系进行此标记与性状的关联分析,结果表明:AA基因型个体与AG基因型个体和GG基因型个体在瘦肉率、皮脂率、屠宰率和胴体重上存在显著性差异(P<0.05);AA基因型个体和GG基因型个体的平均背膘厚和pH值显著显著(P<0.05);AA基因型个体和AG基因型个体的骨率和板油重显著差异显著(P<0.05)。
(5)在433头10个中外猪种中检测了MC4R基因TaqI酶切位点的多态分布,结果表明:隆林猪、莆田猪、五指山猪、大花白猪和槐猪缺少AA基因型;除了槐猪含有较多的AB基因型外,中国猪种绝大多数表现为BB基因型;国外猪种含有较多的AA和AB基因型。在长蓝猪F2代资源家系进行此标记与性状的关联分析,结果表明:AA基因型与AB基因型和BB基因型在肾重上差异显著(P<0.05);AA基因型个体的板油重和板油率显著高于BB基因型个体(P<0.05);AA基因型个体的pH值显著低于AB基因型个体(P<0.05):各个基因型在多个生长性状、胴体性状和肉质性状上差异不显著(P>0.05)。