2009年开始的新一轮医药卫生体制改革中公立医院改革成为其热点和难点问题。补偿机制改革则是公立医院改革成败的关键。从1954年开始,公立医院的补偿渠道主要包括财政补助、医疗服务收费和药品加成收入三个部分。随着国家对医疗卫生事业的财政投入不断减少,对医疗服务收费采取低成本定价的限价政策,因而公立医院为了维持日常运行、提高服务水平和扩大规模,只得依靠药品加成收入来弥补,从而导致了公立医院的趋利倾向、公益性减弱,老百姓看病难、看病贵、药费贵等问题,影响了整个社会的和谐与稳定。本论文运用公共管理学、卫生经济学、公共政策学、医院管理学的理论,采用文献研究法、实例调查法、历史分析法和比较分析法、定性分析与定量分析相结合的方法,在介绍概念范畴的基础上,综合运用公共产品、市场失灵和政府失灵、利益相关者和激励相容理论,力求探寻公平与效率的最佳契合点。揭示了药品加成政策下“以药补医”的弊端。通过对我国公立医院补偿机制改革的历史回顾,总结经验教训,剖析了当前我国公立医院补偿机制中存在的问题及其原因。综合分析了国外发达和发展中国家医疗卫生改革的成败因素及我国新医改中公立医院改革试点的具体措施,为我国医药卫生体制中补偿机制改革提供经验借鉴。《关于深化医药卫生体制改革的意见》中指出“要逐步改革或取消药品加成政策”。本论文在对公立医院补偿机制进行全面研究之后,提出取消药品加成政策后公立医院补偿机制改革的对策和建议,包括七个方面。一是建立医疗服务的信息化平台,提高运行监管效率；二是合理设定医院绩效指标分类补偿,提高财政资金使用效率；三是建立健全医疗服务价格体系；四是推进医药分开,不应增设药事服务费；五是健全医疗保险体系,推行第三方付费；六是完善药品生产流通体系建设；七是对公立医院实行全成本管制,加大财务资金的监管力度。为解决人民群众“看病贵”的问题,本论文从多角度提出公立医院补偿机制的改革举措,探索对政府、医患双方都有益的补偿机制,希望对保障广大人民群众的身体健康,推进正在进行的医药卫生体制改革起到积极作用。