祁连山位于青藏高原东北部，是甘肃省和青海省的天然分界线。该地区有80余条内陆河流，以及黄河支流湟水，湟水支流大通河两条外流水系，拥有十分丰富的湿地资源。云生毛莨是祁连山地区主要的挺水植物之一，具有净化水质、涵养水源、气候指示等生态作用，在祁连山地区水土保持和气候调节中占据重要地位。本研究从分子生物学水平，利用ISSR-PCR分子标记技术对祁连山地区云生毛茛遗传多样性和居群遗传变异进行研究，得到以下结论:　　1通过正交试验法确定了云生毛莨的ISSR-PCR扩增体系。筛选出16条ISSR引物及引物各自最适退火温度。主成分分析的结果表明，用ISSR分子标记可以把云生毛茛的不同居群和个体区分开。ISSR分子标记可以有效地应用于云生毛莨的个体鉴定和遗传多样性评价。　　2对黑河流域7个居群云生毛莨的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示:居群间遗传分化系数Gst=0.6372，基因流Nm=0.2847; AMOVA遗传结构分析显示黑河流域云生毛茛居群间变异大于居群内变异。　　3对大通河流域11个居群云生毛莨的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示:种群遗传变异度Ht=0.3305，居群内遗传变异度Hs=0.1269。居群间遗传分化系数Gst=0.6160，基因流Nm=0.3117; AMOVA遗传结构分析显示大通河流域云生毛莨居群间遗传变异大于居群内遗传变异。　　4祁连山地区18个居群种群遗传变异度Ht=0.3318，居群内遗传变异Hs=0.1192。居群间遗传分化系数Gst=0.6408，基因流Nm=0.2951。祁连山地区18个云生毛茛居群的居群间变异大于居群内变异。　　5受到自身繁育系统及强烈地理阻隔的限制，该地区云生毛茛居群间变异大于居群内变异，不同居群间的基因交流程度十分微弱。　　6居群间聚类分析结果显示出一定的流域性特征，但遗传距离及其地理距离无明显相关关系;遗传多样性与地理气候因子的相关关系并未达到显著水平。