自改革开放以来，我国的渔业发展取得了举世瞩目的成就，其中水产养殖业的发展尤为显著，水产养殖产量已达到了我国水产品总产量的三分之二，使我国成为了世界第一养殖大国。尽管水产养殖业的发展可能会带来一定程度的污染，但它不仅改善了我国广大城乡居民的饮食结构、提高了人民的生活水平，同时也为我们提供了空气调节、水调节、气候调节、娱乐文化等生态服务价值。要促进水产养殖业持续、健康地发展，必须关注这种环境成本、重视这种生态服务价值，需要在核算水产养殖系统的净生态系统服务价值之基础上，对利益相关这进行合理的生态补偿。本文以淀山湖水源保护区水产养殖生态系统为研究对象，以定性研究与定量分析相结合、理论推演与实证分析相结合的方法对这类生态系统的生态服务价值补偿问题进行了探讨。　　 文章首先对国内外生态补偿及生态补偿机制的研究作出了简要的评述，发现生态补偿已经成为国内外学者们研究的重点，同时也是解决生态环境与经济发展的重要手段。国内外学者对生态补偿机制的理论内容及生态补偿的政策实践进行了深入的研究，并从不同层面探讨了生态补偿机制的主客体、补偿方式、补偿标准等。但值得关注的是，关于水产养殖生态补偿的研究甚少。　　 其次，对生态补偿的理论依据进行了梳理，分析了淀山湖水产养殖生态系统进行生态补偿的四大经济学理论依据：公共物品理论；外部性理论；科斯产权理论和生态资本价值理论。　　 再次，将人均收入作为反映淀山湖水源保护区边缘化的指标，以定量分析的方法，实证选取了各镇农户每年的家庭经营费用支出、每年财政对各镇农村基础设施的投资额、农户每年的农业贷款额、农业产值占总产值的比重、农户人均占有的农业技术人员、城市化率、从事非农劳动力人数占农村劳动力总数的比重、初中文化水平以上的农村劳动力比例、黄浦江上游水源保护政策和政府对农民的转移支付等10个单项指标，构建了淀山湖周边地区边缘化的面板数据模型，模型结果表明，黄浦江上游水源保护政策的实施加剧了淀山湖沿湖三镇的边缘化，对该地区实行生态补偿政策已经刻不容缓。　　 在理论分析和实证分析的基础上，本文从淀山湖水源保护区水产养殖生态系统提供的生态服务功能的受益范围和净生态系统服务价值得出其生态补偿机制的框架。认为生态补偿机制的主体应当是上海市政府、青浦区地方政府和淀山湖沿湖三镇政府；生态补偿的客体是淀山湖沿湖三镇的养殖渔民，同时也应该包括对渔业发展和渔村建设的补偿；生态补偿的方式主要有资金补偿、政策补偿、生态补偿项目建设和社区参与补偿等四种方式；对于生态补偿标准的确定是根据排污权归属的不同来确定的，得出生态补偿的额度每年在18450.41～23148.49万元之间；生态补偿的资金主要来是源于政府的财政资金、生态补偿税收和水费附加以及市场的证券融资和BOTTOT等系列融资方式。　　 本章最后提出了淀山湖水源保护区水产养殖生态系统的生态补偿政策的几点建议：(1)制订淀山湖水源保护区绿色产业扶持政策；(2)开展淀山湖水源保护区整体规划，实施生态友好型的集约化发展模式；(3)完善淀山湖生态补偿融资体制，发展多渠道融资；(4)完善淀山湖生态补偿的管理体制；(5)加强生态补偿的宣传教育，增强社会的认知与社区参与。