陇东肉牛CAPN1、CAST和CALCA基因多态性研究

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本研究主要以分布在甘肃陇东地区的早胜牛庆阳类群和平凉类群、南杂牛(南德温牛×早胜牛庆阳类群)、秦杂牛(秦川牛×早胜牛平凉类群)、西杂牛(西门塔尔牛×早胜牛平凉类群)5个肉牛群体共计362个个体为研究对象,采用PCR-SSCP技术,分别对CAPN1、CAST和CALCA基因多态性进行检测,旨在探讨这3个与肉质性状相关的候选基因在以上5个肉牛类群中的遗传多态性,以期发现与肉质性状相关的分子标记,为加快陇东肉牛的选育进程,提高产肉性能提供理论基础。试验结果如下:1. PCR-SSCP检测结果表明:CAPN1基因CP1扩增序列在西杂牛群体中只检测到AA和AB两种基因型,而在其它4个群体中均检测到AA、AB和BB三种基因型,其中,AA是优势基因型,A是优势等位基因,经序列比对发现了4个SNP位点,分别为位于内含子8的C429G、G437A位点和位于外显子9的G458C位点及位于内含子9的C572T位点;CP2扩增序列均检测到2种基因型即GG和GA,其中,GA为优势基因型,G为优势等位基因,经序列比对发现了1个位于外显子14的G4558A多态位点。CAST基因CS1扩增序列均发现3种基因型即CC、CT和TT。其中,CT为优势基因型,T为优势等位基因,经测序发现存在5个SNP位点,分别为位于内含子8的A220G、A223G、G239A位点和位于外显子9的C369T、G375A位点;CS2扩增序列均检测到2种基因型即MM和NN。其中,MM是优势基因型,M是优势等位基因,经测序发现存在4个SNP位点分别为位于外显子18的G6222A、T6234C、T6308C位点和位于内含子18的G6332A位点。CALCA基因外显子4也均检测到2种基因型即AA和AB,其中,AA为优势基因型,A为优势等位基因,经序列比对发现了T3237A和G3289A两个多态位点。2.遗传参数分析表明:CAPN1基因CP1扩增序列的多态位点在西杂牛群体中为低度多态(PIC<0.25),在其余4个牛群体中都为中度多态(0.25<PIC<0.5),5个牛群体在此位点都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),χ2独立性检验表明此位点在早胜牛庆阳类群和西杂牛群体中的基因型分布表现为差异显著(0.01<P <0.05),在西杂牛群体与早胜牛平凉类群和南杂牛及秦杂牛之间的分布为差异极显著(P<0.01),在其他群体之间均差异不显著(P>0.05);CP2扩增序列的多态位点在5个牛群体中都为中度多态(0.25<PIC<0.5),在不同牛群体间的基因型分布差异不显著(p>0.05)。CAST基因CS1扩增序列多态位点在5个牛群体中也都为中度多态(0.25<PIC<0.5),南杂牛在此位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),该多态位点在不同牛群体间的基因型分布差异不显著(p>0.05);CS2扩增序列多态位点在5个牛群体中都为低度多态(PIC<0.25),在不同牛群体间基因型分布差异不显著(p>0.05)。CALCA基因外显子4的多态位点在5个牛群体中也均为低度多态(PIC<0.25)且都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),在不同牛群体间的基因型分布差异不显著(p>0.05)。
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