存疑不起诉的立法本意在于加强人权保障,优化司法职能,其实践效果在于为公诉案件质量把关,降低无罪判决率,实现程序与实体正义。但在司法实务中,存疑不起诉的适用效果并不理想,存在打击犯罪不利,当事人权利保障不足等问题。本文从实证角度出发,拟通过对存疑不起诉运行过程中存在的问题进行分析,揭示问题的原因,提出相关建议,以期能为该制度的完善提供合理路径,使之发挥应有作用。正文共分为四个部分,共三万余字。第一部分为存疑不起诉运行情况的实证考察。文章以H市检察机关即H市检察院及该市所属12个基层检察院近6年来(2010年—2015年)所办理的存疑不起诉案件为主要研究对象,就存疑不起诉的适用率及案由、案件证据瑕疵情况、补充侦查情况及当事人救济情况等方面进行了考察。总体来看,存疑不起诉适用率逐年上升,体现出检察人员保障人权意识增强,但也存在存疑案由比较集中、案件证据瑕疵较多、案件二次退补率较高、当事人申请救济成功率不高等现象。第二部分为存疑不起诉实施过程中存在的问题及原因分析。文章认为:目前我国存疑不起诉实施过程中主要存在以下五个问题:其一、侦查机关取证质量不高;其二、案件补充侦查趋于“形式化”;其三、存疑不起诉程序效率不高;其四、存疑不起诉受制于考核机制;其五、当事人救济权得不到保障。其原因有以下五个方面:一是侦查机关取证能力不足,证据意识淡薄;二是侦诉沟通不够,补证方式单一;三是立法存在弊端,未考虑司法成本的问题;四是考核机制不科学,与诉讼规律相违背;五是法律规定不细致,救济权缺乏保障措施。第三部分为针对存疑不起诉实施过程中的问题提出改革完善的构想。文章认为:一是要加强检察引导及监督侦查:细化检察引导侦查的程序和条件,使之更具有操作性;定期或必要时由检察长提议召开公检联席会议对重大疑难案件的取证问题进行协商;进一步明确自行侦查的程序及条件,将该机制作为退回补充侦查的有效补充;通过建立非法证据排除通知及追责机制,对非法取证行为进行实质评价,提高侦查机关取证质量。二是要简化存疑不起诉决定程序:赋予主诉检察官不起诉启动裁量权,确保存疑不起诉建议能及时被提出;将案件讨论程序精简,调整检委会人员结构;取消前置批准程序,实行请示及备案程序。三是要完善公诉业务考核机制:取消不合理的考核指标;完善考核目标说理机制;引入科学的考核机制。四要是建立有效的救济保障制度:通过建立“公诉转自诉”证据衔接机制,降低申诉门槛,建立与不诉同步的赔偿审查机制来畅通救济渠道,为当事人权利保障提供支撑。