在我国医药卫生改革的进程中，我们必须要综合考虑我国公立医院的发展历程、管理现状以及未来的发展方向，建立起一套科学、合理、公平、公正的考核体系以及相对应的管理制度，从而最大限度的激励广大医务人员的工作热情，发挥其技能与专长，进而科学公平有效的衡量其工作业绩。本文以一所大型公立综合性医院--SY医院为对象进行研究，以平衡计分卡的四个维度为标准分析评价了SY医院的绩效考核指标体系。SY医院绩效考核指标体系存在的问题为自身绩效考核指标不成体系，财务维度指标缺失，有些科室的学习与成长维度指标缺失；同时有的考核指标过于细化，在实际考核过程中可操作性不强，指标设置较为繁复，绩效考核的考核工作量较大，有时会成为一线医护人员的负担，使其在完成正常医疗工作之余还要为考核工作加班。在绩效考核工作的过程中SY医院也存在诸多问题，包括考核结果的公平性，考核结果应用、反馈机制的运作情况等方面。文中在对SY医院现有绩效管理体系深入分析基础上，将公立医院绩效考核的方法--关键绩效指标法(KPI)、目标管理法(MBO)、平衡记分卡法(BSC)整合为MBK模式，以SY医院的一个省级重点发展科室为例构建了新的临床科室绩效考核指标体系，以此说明SY医院绩效考核指标体系的构建过程。在制定呼吸科新的绩效考核指标时，加强了公益性财务指标的考核力度，为患者考虑，在不影响治疗效果的前提下尽可能的压缩患者的就医成本，使更多的患者看得起病。另外，将一些指标不再作为定量分析指标，不再单纯的以具体数字作为绩效考核的唯一标准。同时也将一些指标改为适度指标，不单纯以数字的大小作为衡量标准。最后在制定呼吸科的绩效考核指标时，对考核指标进行的筛选及精简，选取了一些简单易行，容易获取数据的指标作为医院考核科室绩效的考核指标，尽量使得考核工作不在成为科室正常医疗工作之余的工作负担，使考核工作尽量简化且行之有效。