系统的功能取决于结构、要素和环境。同样要素组成的系统,如果结构发生转变,就可能引起性质完全不同的系统行为,并且涌现出不同的系统功能。高等学校作为在社会分工意义上实施高等教育的一种社会组织,是复杂的巨系统,具有系统的一般属性,其组织结构对其发挥功能和有效的运行也起着至关重要的作用。对高校组织结构问题,许多学者从不同的角度,用不同的理论和方法,进行了研究,但是目前仍缺乏对高校组织结构的系统、全面的描述(测度)和有效的测度方法,造成对高校组织结构的描述经常是零散的、局部的、直观的,优化设计也缺少科学的依据。本文运用系统科学、组织学、高等教育学、管理学的理论和方法,采用还原论与整体论、局部描述与整体描述相结合的研究路线,对高校组织结构的内涵、组织结构的测度、组织结构的特点、属性和组织结构的优化设计等4个方面,进行系统性的研究。在对高校组织内涵、产生、要素等进行分析的基础上,界定了高校组织结构、组织框架结构、组织运行结构,为高校组织结构问题研究提供了新的视角。本研究从高校组织元素的构成与描述分析入手,通过人流、物流、资金、信息流在机构与办学活动之间、机构与机构之间的交换,建立了机构之间的链接关系,构建出了整体性、系统性的高校组织模型,在此基础上,提出了基于机构、进程的高校组织框架结构、运行结构的特征量及其表达公式,确定了高校组织结构的测度方法,并对样本高校组织结构进行测度。另外,基于制度学派及其它组织理论的定性分析,基于信息熵的定量分析,对样本高校组织框架结构,战略规划、教师管理、资金管理、物资管理、本科生培养活动、研究生培养活动、科研活动运行结构以及两校总体办学活动运行结构的差异进行了判定及讨论。论文根据样本高校组织结构具有国家制度规定部分一致性,科研活动、专家机构活动、上级部门活动造成的组织结构的网络特性以及学校组织结构内含的科层性等3个共性特点,提出了由党群系统、资源配置管理系统、人才培养系统、科研系统构成,由10种关系相链接的我国国立高校组织系统构成及相互关系模型,进一步揭示了我国国立高校组织结构的特性,提出了7种高校基层学术组织的基本构成模式。本研究开创性地使用组织建模和定量测量为特点的高校组织结构研究的新方法,并通过实证研究,得出了一些关于高校组织结构有价值的观点和结论,对于丰富高校组织结构理论具有积极的作用,对于高校管理工作也具有较高的实用价值。