近年来，国家出台相关政策限制水源地产业发展，不仅使水源地现有的经济发展模式和产业规划受到严重影响，而且还使水源地的经济发展承受了巨大机会成本。作为流域的最上游水源地具有特殊生态地位，只有采取适当的方式对水源地生态保护的直接投入以及机会损失进行合理的补偿，才能有效激励水源地的生态保护行为。水源地生态补偿机制就是通过水源地生态保护外部性的内部化，来调动水源地生态建设与保护者的积极性。构建水源地生态补偿机制首先要厘清谁补偿谁，补偿主体的界定是后续补偿标准以及补偿方式深入研究的重要支撑，是整个水源地生态补偿问题研究的基础。本文以破坏者付费原则、使用者付费原则、受益者付费原则、保护者（减少破坏者）得到补偿原则为理论依据，根据利益相关者在特定生态保护（破坏）事件中的责任和地位来界定补偿者和被补偿者。根据补偿者对水资源利用形式的不同而承担的不同责任将其界定为生产用水户、经营用水户、生态用水户。根据不同产业可进一步细分为第一产业生产用水户、第二产业生产用水户和第三产业生产用水户。按照对水源地生态系统的影响方式的不同将被补偿分为生态建设者和减少生态破坏者两大类。按照生态建设者法律身份的不同，将生态建设者进一步细分为个体生态建设者和团体组织生态建设者两类。根据产业不同将减少生态破坏者进一步细分为第一产业减少生态破坏者、第二产业减少生态破坏者、第三产业减少生态破坏者。当建立起生态补偿机制时，水源地上游被补偿者之间的内部博弈成为研究的重要内容。本文首先建立一个无政府干预下补偿者与被补偿者的博弈模型，其博弈结果是“不补偿，不保护”成为其最优选择；其次建立了一个上级政府干预下，补偿者、被补偿者充分参与的博弈模型，上级政府通过奖惩系数的调节来促进补偿合作的顺利进行。通过模型的分析可以看出，在政府严厉处罚下，在社会有力监督下，能有效促进补偿合作的进行。并在此基础上提出相关的政策建议。