肠道菌群参与宿主代谢，免疫调节和肿瘤性疾病。不同猪品种之间的肉品质以及肠道菌群存在显著差异。在这里，本实验重点研究肠道微生物和猪肉品质之间的联系。选取了湖南的地方猪种宁乡猪和大白猪，28日龄仔猪饲养15周，屠宰取样。
　　(1)宁乡猪的肉色红度、PH24h、肉蔻酸、棕榈酸和肌内脂肪含量显著高于大白猪，同时滴水损失率和嫩度值显著更低，这表明宁乡猪肉质相对更好。
　　(2)16SrRNA测序分析结肠内容物，发现两种猪的优势菌群明显不同，宁乡猪中显著更丰富的属是疣微菌属和副杆菌属，大白猪中的是普雷沃氏菌属。在功能分析发现，宁乡猪菌群的脂质代谢、异源生物的生物降解和代谢以及疾病通路均显著更强，宁乡猪富集的菌群与通路均与免疫有一定的相联性。
　　(3)宁乡猪乙酸、丙酸、丁酸都显著更低于大白猪。血清生化分析中，宁乡猪的总蛋白、免疫球蛋白G和血氨高于大白猪，宁乡猪中血清和结肠内容物的脂多糖也显著高于大白猪。对肌肉样品做蛋白质印迹分析，宁乡猪中NF-kB和半乳糖凝集-3的蛋白表达量都显著高于大白猪。
　　(4)在猪背最长肌的转录组分析中，获得885个差异基因。GO功能分析，上调的差异基因富集在代谢途径、脂质沉积，下调的差异基因富集在趋化因子。KEGG信号通路富集分析，宁乡猪差异表达的基因主要在甘油磷脂代谢(PCYT1B，CRLS1，LPIN1)，脂肪酸生物合成(MCAT)，淀粉和蔗糖代谢(AMY2)以及PPAR等信号通路，而与AMPK信号通路相关的通路在宁乡猪中被下调。
　　综上所述，从转录水平探讨了猪种间的遗传差异，鉴定出关键的优势通路与基因。宁乡猪的肉质更好，同样炎症免疫相关因子的表达量更高。本实验揭示了炎症水平的表达量在促进肌肉脂质沉积中起重要作用。了解这些机制可以更好地应用于猪生产中。