自20世纪80年代中期以来,农民专业合作社在我国迅速发展。农民专业合作社在解决农户生产难、销售难等问题上起到了积极的作用,有效地融入了市场经济的发展中。但是,在实践中,农民专业合作社的发展上存在着许多问题,如社员参与农民专业合作社积极性不高,农民专业合作社规章制度不完善等,这些农民专业合作社治理结构的不完善直接制约了农民专业合作社的科学发展。本研究在系统梳理马克思主义合作社治理结构理论、委托代理理论、团队生产理论、企业治理理论和农民专业合作社治理相关研究的基础上,通过问卷调查,结合江西省铅山县和永修县农民专业合作社发展情况,运用定量分析的方法,试图探讨农民专业合作社治理结构存在的问题,并给出优化农民专业合作社治理结构的相关建议。调查与分析发现:农民专业合作社的发展还处在初级阶段;合作社的治理结构存在外形化现象(包括社员大会外形化、理事会和监事会外形化及规章制度外形化);农民专业合作社普通社员治理能力不足,参与度不高,决策机制有待完善。基于上述调查,本研究提出以下政策建议:优化农民专业合作社内部治理机制(包括理事会、监事会和社员大会制度);完善农民专业合作社决策机制;加快农民专业合作社激励机制建设;促进农民专业合作社的交流;加强外部政策对农民专业合作社治理结构的支持(包括制度支持、财政支持等)。但是,由于样本数据样本量有限,治理结构和治理绩效的指标选取有限,而且本文主要采取了相关分析方法,没有考虑到外部其他因素对合作社治理的影响,使得文章的结论具有一定局限性。