猫微卫星DNA标记遗传检测方法的建立及对虎皮猫群体遗传结构的分析

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猫作为一种常用的实验用动物,在医学和药学研究中具有独特的优势,是神经生物学、心血管病、药理学、药效学等方面研究不可取代的实验用动物。如猫在神经学、生理学、药理和毒理学方面,部分实验效果较啮齿类更接近于人,适宜作观察各种反应的实验。猫具有极敏感的神经系统,头盖骨和脑的形状固定,是脑神经生理学研究的绝好实验动物。此外,猫血压恒定,较大鼠家兔等小动物更接近于人体,对药物反应灵敏,且与人基本一致。猫血管壁坚韧,便于手术操作和适用于分析药物对循环系统的作用机制。虽然实验用猫的应用广泛,科研价值极大,但目前国内外尚未建立针对实验用猫的遗传标准和遗传检测方法。国内有些单位建立了实验用猫的群体,但由于缺乏有效的遗传分析方法,使实验用猫的遗传质量一直无法控制,在医学研究和药物评价中难免缺乏准确性和稳定性。因此需要尽快建立一套针对猫的准确简便的遗传检测方法。本研究旨在建立一套针对猫的微卫星标记遗传检测方法。本实验从Genbank中选取了131个猫微卫星位点及3个苏门答腊虎微卫星位点,并从相关参考文献中获得134个微卫星位点的侧翼引物序列,然后合成这134对引物。首先进行可用微卫星位点的筛选:用合成的134对引物32只猫基因组DNA混合物进行PCR扩增,然后进行1.5%琼脂糖凝胶电泳检测。筛选的原则为留下能够扩增出清晰目的条带,且没有杂带的位点。通过第一步筛选在总共134个位点中筛选出113个符合要求的位点,其中2个苏门答腊虎微卫星位点扩增出了目的条带。筛选的同时记录下条带效果理想的退火温度。然后进行可用于猫遗传检测的多态性好的微卫星位点的筛选。将113个筛选出的微卫星位点对应的引物分别对32只猫基因组DNA进行扩增,然后经1.5%琼脂糖凝胶电泳检验,挑选出表现出多态性的位点。在113个微卫星位点中共筛选出31个表现出多态性的位点,其中2个苏门答腊虎位点均没有表现出多态性。合成优选出的富含多态性的31个微卫星位点所对应的荧光引物。从河北省石家庄市华北制药集团的虎皮猫封闭群中选取34只无直接亲缘关系虎皮猫,分别采集前肢静脉血,并提取基因组DNA。将这31个微卫星位点的荧光引物分别对34只虎皮猫的基因组DNA进行PCR扩增。将产物进行STR扫描后得到34只虎皮猫在31个位点的基因型,并输入popgene3.2软件进行相关分析。得到有效等位基因数、香隆指数、有效杂合度三个指标。将运用31个微卫星位点所分析的结果与运用依次减少的位点所得到的的相应结果进行独立样本T检验,直到产生显著差异为止。此时得到的位点数即为所需最少微卫星位点数。结果表明,运用23个位点所得到的有效杂合度数值与运用31个位点所得到的有效杂合度数值有显著性差异,即P<0.05。所以最后确定的用于家猫遗传检测的微卫星位点数为24个。将34只虎皮猫的24个微卫星检测位点的对应基因型输入popgene3.2软件进行遗传分析,得到每个位点的观测等位基因数、有效等位基因数、香隆指数、有效杂合度四个指标。进而得到24个检测位点的平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、平均香隆指数、平均有效杂和度。平均观测等位基因数为4.0833,平均有效等位基因数为2.6323,平均有效杂合度为0.6108,平均香隆指数为1.0786。其中平均有效杂合度为0.6108,符合封闭群的0.4-0.7的标准。由此可以得出河北省石家庄市华北制药集团公司虎皮猫群体符合封闭群的特征。
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