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我国常规使用的实验兔有新西兰、日本大耳、青紫兰等品种,都是封闭群动物,但由于保种、杂交等各方面的原因,很难说哪个群体是遗传稳定和均一的。鉴于目前实际情况,我们亟需建立科学的实验兔遗传质量检测方法,包括建立封闭群兔的遗传质量控制标记库,用于鉴定封闭群兔的不同品种品系,检测封闭群动物不发生群体变异,使其保持整个群体性状、特征的稳定,保持封闭群一致性与多态性的统一。传统的实验遗传标记物主要是对基因表型的标记,均不能直接反应遗传变化的本质,这些标记物存在数量较少、多态性不丰富等缺点。本文选用的是新兴分子遗传学标记中的微卫星标记物对日本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰兔三个封闭群体开展群体遗传学分析,同时筛选出封闭群兔最佳的遗传质量控制标记性位点。本文从28个微卫星位点中筛选出10个微卫星位点,对日本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰兔三个封闭群体开展群体遗传学分析。利用这10个微卫星位点,进行Hardy—Weinberg平衡(HWE)检验,统计三个种群的基因频率、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量软件、F值和遗传距离。结果显示青紫蓝品种在12L1Ell位点,新西兰品种在INRACCDDV0087位点与INRACCDDV0203位点,日本大耳白兔在Sat12位点与INRACCDDV0203,P<0.05,显著偏离HWE,多数表现为杂合子缺陷；三个群体在Sat13,So144,6L1F10,7L1F1,12L4A1,INRACCDDV0016点上均符合HWE；各位点平均等位基因数5.9,种群整体基因频率差别较大,其范围为0-0.9060；三个种群的平均观测杂合度为0.6204,平均期望杂合度为0.6178；十个位点的平均多态信息含量在0.430-0.834之间；群体间分化系数(Fst)平均为0.0750,日本大耳白兔和青紫蓝兔遗传距离最近为0.1223,青紫蓝兔与新西兰兔遗传距离最远为0.1934。实验证明了三个种群的遗传结构均表现出遗传稳定性和均一性,在10个微卫星位点上呈现高度多态性,种群间遗传分化明显。日本大耳白兔与青紫蓝兔亲缘关系最近,青紫蓝兔与新西兰兔亲缘关系最远,说明了三个种群不但受历史亲缘关系的影响,同时也有地理和环境因素的影响。最终筛选出的10个微卫星位点可做为封闭群遗传质量控制标记库的候选位点。