农村税费改革自2000年开始试点以来对于规范农村税费制度、理顺农村分配关系、切实减轻农民负担、促进农村经济进入崭新发展阶段确实产生了重大的影响。但是，这项改革也给农村带来了一系列问题和矛盾，比如乡镇财政危机、村级组织运转困难、乡村债务沉重、农村义务教育经费不足、农民负担不均、公共事业建设缺乏资金等。其中村级组织运转困难是不少地方尤其是经济欠发达地区所普遍遇到的难题，也是村级经济发展过程中亟待解决的问题。村级组织运转难涵盖了村级财政、村级机构人员精简、村级负债、公共事业管理等一系列问题，与农村的政治生活、经济生活、文化生活都密切相关。 本文在对江苏省北部地区某镇村级组织进行实证调研的基础上，从组织社会学的理论视角出发对当地村级组织运行过程中遇到的具体问题进行了分析研究。研究表明，村级组织问题主要表现在：村干部工作难做，工作理念陈旧；村级收入下降，村干部报酬不足，其他支出较大；村组合并、资源没有得到合理配置；“一事一议”难实行；村级经济枯竭以及配套措施未落实到位等具体问题。这些问题的出现，除了与村级组织自身因素有关外，还与乡村所在地区的经济基础、外部环境，尤其是制度背景有着密不可分的关系。据此，论文就如何解决好这些问题，从加强基层队伍建设、发展农村经济和贯彻落实中共中央、国务院《关于推进社会主义新农村建设的若干意见》等方面，提出了若干思考与对策。