辣椒疫病（Phytophthora blight）是由辣椒疫霉菌（Phytophthora capsici.Lone.）侵染引起的真菌性病害,是辣椒生产上一种毁灭性病害。研究辣椒疫病病原菌侵染诱导下的辣椒基因表达谱并分离、鉴定相关的候选抗病基因,对于阐明辣椒的抗病机制及其遗传改良具有重要意义。本研究运用cDNA-AFLP技术研究辣椒应答疫霉菌侵染的转录图谱,其中对363个衍生转录片段（transcript-derived fragment TDF）测序并进行了功能注释,从由辣椒叶片提取的总RNA构建的cDNA文库中筛选出3个全长cDNA,并对基因进行实时荧光定量PCR。主要结果如下:1、采用cDNA-AFLP技术,得到辣椒响应疫霉差异表达的转录谱,并对图谱中有差异变化的363个TDF测序,测序结果在NCBI上进行同源性分析,117个没有找到同源序列,246个找到了同源序列,比例为67.8%,对TDF差异表达情况进行分类发现无变化172个、各种下调（D）79个、早期上调（E）28个、晚期上调（L）7个、其它形式上调（I）77个。这些基因主要有:小GTP结合蛋白,钙依赖蛋白激酶,铁氧还蛋白,抗坏血酸还原酶,类调渗蛋白,亚精胺合成酶,细胞色素P450,油酸脱氢酶,过氧化物酶,蛋白质二硫键异构酶。2、采用SMART^TMcDNA文库构建试剂盒,构建了辣椒响应疫霉cDNA文库,其滴度达到了1×10⁶pfu/mL,重组率达到90%以上。3、采用基于PCR技术的96孔板cDNA文库筛选法,利用测序得来的基因片段设计引物,筛选cDNA文库获得了三个可能与抗病性密切相关:抗菌蛋白（EU401721）、Rubisco活化酶（EU401722）和硫堇蛋白（EU367112）的全长cDNA。测序结果表明,抗菌蛋白全长为645bp,含有长度为85个氨基酸的开放读码框,同源分析结果表明,所分离的cDNA与已发表的抗菌蛋白具有不同程度的同源性,抗菌蛋白（EU401721）与辣椒抗菌蛋白（AAL73184）同源性为98%,与苦瓜几丁质酶（ABD66068）的同源性为57%,与籼稻（ABU25226）几丁质酶的同源性为60%,与银合欢（AAM49597）几丁质酶的同源性为53%;Rubisco活化酶长度为1741bp,含有长度为439个氨基酸的开放读码框,同源分析结果表明,Rubisco活化酶（EU401722）与西红柿（AAC15236）Rubisco活化酶的同源性为92%,与马铃薯（ABX84141）Rubisco活化酶的同源性为81%:硫堇蛋白（EU367112）长度为608bp,含有长度为91个氨基酸的开放读码框,同源分析结果表明,硫堇蛋白与辣椒（AAF16413）硫堇蛋白的同源性为71%,与辣椒（AF112443）硫堇蛋白的同源性为71%。4、应用实时荧光定量PCR,对三个候选基因在辣椒疫霉菌作用下的cDNA-AFLP分析结果进行验证,并研究了它们在辣椒疫霉、UV-B、JA、SA、JA+SA、NaCl、4℃低温和机械损伤等逆境或外源激素作用下的表达,结果表明:荧光定量的实验结果与cDNA-AFLP的实验结果基本一致。抗菌蛋白表达量较为显著的是NaCl处理的12h和机械损伤的24h,疫霉侵染后则在60h达到最大,Rubisco活化酶基因是紫外线处理对其影响最大,硫堇蛋白基因与辣椒应答激素密切相关,疫霉侵染辣椒植株后硫堇蛋白基因表达量逐渐增强。本研究结果对于辣椒抗疫霉的分子机制剖析及差异表达TDF相应基因在辣椒应答疫霉侵染中的可能作用研究奠定了基础。