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有关非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)的研究已成为生命科学目前最前沿的方向之一。绝大多数人类非编码已经鉴定出来,各大数据库也保存了其序列可供查询。在与非编码RNA相关的研究中,检测它转录水平的变化是非常关键的数据。该数据表征或预示人类是否健康和处于某种疾病,可以成为临床诊断的依据之一。实时荧光定量PCR常与逆转录联用(RT-qPCR)广泛地应用于非编码RNA的检测,但由于逆转录非编码RNA的效率不稳定,使许多有重大意义的研究结果都无法重现。该论文对可取代逆转录法精确测量非编码RNA转录水平的方法——杂交连接法进行了各方面地研究及探讨。 本研究使目标ncRNA与两个和它完全互补配对的DNA片段进行杂交,形成ncRNA-oligos杂合链。最后用T4 DNA连接酶进行缺口修复得到HL-DNA,然后以此为模板进行PCR扩增,用PAGE胶电泳所得产物进行分析,或直接用于荧光定量PCR的检测。将上述合成HL-DNA的方法称为“杂交连接法”(简称“交连法”),所构建的体系称为“交连检测体系”。初步试验成功,使用杂交连接法替代逆转录法制备出对应目标非编码RNA的单一DNA片段(HL-DNA),可以取代cDNA作为PCR扩增模板定性检测特定非编码RNA,且比cDNA更灵敏。 将杂交连接法与荧光定量PCR联用(HL-qPCR)为检测特定非编码RNA转录水平提供了更优越的检测环境。由于排除了其它干扰,对扩增反应引物对的特异性要求没有RT-qPCR严苛;HL-qPCR测定特定非编码RNA的相对浓度,比RT-qPCR更准确、可重现性更高。 发现杂交连接法还可以检测T4 DNA连接酶活性,排除了检测过程中容易产生假阳性信号的各种干扰,检测安全可靠。同时,可通过提高了底物浓度和替换染色方式等途径使检测更加灵敏。 综上所述,研究通过合理的实验条件设计,成功地使用交连法定性和定量地检测了特定ncRNA。相比随机引物法,交连法跨越了逆转录这一步直接针对目标ncRNA,为检测特定ncRNA转录水平提供了更优越的检测环境同时对检测效率也有所提升,若用其检测不同时期细胞中同一ncRNA的转录量可信度更高,更能够真实地反映出其转录水平的变化。并且,此检测体系还可以进一步拓展应用于酶活性的检测。