目的大肠癌肝转移在全世界有着很高的发病率和病死率。目前越来越多的研究关注间质在肿瘤发生发展过程中的作用，间质中出现的一些分子标志物对大肠癌肝转移的早期预测和指导靶向治疗有着重要的作用，对大肠癌间质分子标志物的研究，能更准确的预测大肠癌肝转移，并为实现最佳的靶向治疗奠定基础。激光捕获显微切割和基因芯片两种新兴技术已成为肿瘤研究的重要手段。前者能在显微镜直视下通过激光捕获和显微切割从异质性组织中得到目的细胞或细胞群，保证了组织的同质性；后者可同时高效率检测成千上万个基因，是筛选差异表达基因有力的工具。本研究结合以上两种技术，首先用激光捕获显微切割技术纯化大肠癌伴或不伴肝转移原发灶间质组织，然后采用Agilent Human4*44K2.0基因芯片构建大肠癌肝转移原发灶间质的基因表达谱，以不伴肝转移的大肠癌癌灶间质为对照，采用多种生物信息学方法筛选大肠癌肝转移间质相关基因。方法收集大肠癌伴肝转移原发灶和不伴肝转移大肠癌癌灶各4例，利用激光捕获微切割技术分离出间质组织，提取间质组织的总RNA，利用变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA质量，对质检合格的RNA行线性扩增及Cy3单色荧光法标记染色后，采用Agilent Nanodrop ND-1000鉴定cRNA产量和纯度及评估其荧光标记效率，对质检合格的cRNA，在适当条件下与Agilent Human4*44K2.0基因芯片进行杂交，芯片经过洗涤和扫描后，以GeneSpring GX v11.51软件对Cy3进行Normalize标准化处理，进一步进行计算机软件分析，最后得到筛选结果。利用qRT-PCR对显著上调及下调的前2位基因进行验证。结果依fold change实验组（大肠癌肝转移原发灶间质组织）/对照组（无转移大肠癌癌灶间质组织）>2.0或<0.5的数据项，在4例新鲜标本的芯片杂交检测中共筛选出1948条基因发生差异表达，其中上调的有1266条，下调的有682条，将这些基因按GO（gene ontology）分子功能（Molecular function）进行分类，发现这些差异表达基因与细胞分化、酶活性调节，信号转导及基因转录、翻译调节等有关。按Pathway分析，发现这些差异基因主要参与细胞外基质受体相互作用、局部粘附、细胞粘附分子、抗原过程和呈递、细胞因子间相互作用、TGF-β信号通路等通路。RT-PCR验证4条基因，显示其表达方向与芯片检测一致，符合预期结果。结论1.结合激光捕获显微切割和基因芯片两个技术成功构建大肠癌肝转移间质的相关基因谱。2.对IGF2、Periostin、CCL21、PGC-1等差异表达基因的研究有望为大肠癌肝转移提供新的诊断及治疗靶点。