国际安全管理规则在我国得到了强制实施，航运公司通过建立、实施并保持安全管理体系，促进了安全管理水平的提高。但主管机关对航运公司安全管理体系审核后，从五年的审核实践看，很难从整体上定量评价公司安全管理体系的运行效果。本文在总结归纳国际安全管理规则对航运公司安全管理体系运行有关要求的基础上，通过广泛征求安全管理体系审核员和专家学者的意见，建立了安全管理体系运行有效性评价指标体系，7项指标分别是，1、被查船舶的平均单船缺陷数，2、被查船舶平均滞留率，3、平均单船事故率，4、SMC失效率，5、内审发现的部符合数与外审中发现的缺陷数之比，6、一般不符合规定数与被查岗位数之比，7、同类问题重复发生次数。运用模糊理论建立了安全管理体系运行有效性定量评价数学模型。通过所建立的数学模型对安全管理体系运行有效性进行具体的分析和评价。通过对评判模型的应用与验证，说明了评价指标体系具有广泛性和科学性，利用评判模型对公司安全管理体系运行效果的评判结果，与公司的实际情况是一致的，可以应用于对公司安全管理体系运行效果的评判，具有可操作性。