探究中国恒河猴(Macaca Mulatta)转录组5mC位点分布与衰老相关性

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衰老是当今社会普遍关注的问题之一,是外在的环境因素和内在的遗传机制共同作用的结果。内在遗传机制主要包括形成DNA和RNA单体以及编码遗传信息的化学结构等。除A, T, G, C以外,5mC(5-甲基胞嘧啶)作为第五碱基已得到广泛的关注,成为当今生物学研究热点之一。位于DNA中的5mC,可引发基因组染色质中相应区域的结构变化,增加染色质螺旋化,使之聚集成团,降低转录活性。位于RNA特别是mRNA中的5mC目前研究相对较少,是否与衰老存在关联尚不清楚。因此,研究衰老与mRNA中5mC的关联是具有意义的。在非人灵长类动物中,中国恒河猴又名猕猴与人类有类似的遗传背景和生物学特征,在探索与年龄相关的问题时研究者证实中国恒河猴比小鼠等啮齿类动物模型更具有优势,常用于人类免疫衰老相关研究的动物模型。本课题以中国恒河猴为研究对象,利用亚硫酸氢钠处理与二代测序技术结合,探究转录组中5mC的分布特征,并探索其与衰老之间可能存在的关联。主要结果如下:(1)5mC在基因不同区域分布不均一,25岁中国恒河猴和4岁中国恒河猴中内含子有3500个位点(44.2%),可能与外显子剪切有关。在外显子含2346(29.7%)个位点,其中接近95%的甲基化位点位于外显子同义突变区域。(2)通过对数据的reads数和覆盖度的比较,发现整体的覆盖度越大5mC位点数越多,特别是在内含子区域。(3)在对脾所含的5mC分析中,25岁中国恒河猴的5mC几乎只有4岁中国恒河猴的一半,由于25岁个体的免疫系统发生较严重的退化,进一步推测在mRNA中5mC和免疫衰老存在一定的关联。(4)GO注释分析结果表明25岁中国恒河猴和4岁中国恒河猴脾脏中含有5mC的共同基因主要聚类到细胞凋亡相关的功能。说明5mC与该功能有重要联系,暗示与衰老有关。(5)对25岁中国恒河猴和4岁中国恒河猴六种组织中含有5mC的基因分别进行GO注释分析,发现这些基因大部分聚类到细胞凋亡、大分子水解、蛋白质转运、信号转导、磷酸代谢过程、氧化还原过程等功能,说明5mC分布广泛且通常分布于影响生物体多种重要功能的基因中,其中25岁中国恒河猴肺及肝聚类到细胞凋亡的功能,进一步说明mRNA中5mC与衰老存在相关性,因此对5mC影响衰老的机制和具体作用的进一步研究很有必要。(6)中国恒河猴中5mC甲基转移酶NSUN2(NOP2/Sun RNA methyltransferase family, member2)和TRDMT1(tRNA aspartic acid methyltransferase1)都有表达。但是TRDMT1表达量相对NSUN2较低。猜测可能与NSUN2和TRDMT1在体内的作用广泛程度有关系。总体而言,研究表明,5mC在不同的组织中可能影响不同的功能,比如RNA剪切,免疫系统退化,细胞凋亡,等等。进一步暗示5mC与衰老有一定的联系。
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