沉水植物作为湖泊水生生态系统重要的组成部分，在保护水体生物多样性、维持水生生态系统稳定中占据重要地位。由于沉水植物在其主要生命周期中植株都基本在水下生活，其生理上十分依赖于水体环境，对水环境的变化情况十分敏感。近年来，由于工业和经济的迅速发展，导致湖泊富营养化成为日益严重的全球问题，由此引起的水生植物消退现象在世界范围内普遍发生，太湖的沉水植被也面临此问题。以往的研究多采用中小尺度控制实验，关注水质变化对沉水植物生物学特性的影响，而通过原位实验开展沉水植物生理指标及根际微生物特征对水质的响应研究相对较少。　　在此基础上，本研究以太湖典型优势沉水植物马来眼子菜（Potamogetonwrightii Morong）和菹草（Potamogeton crispusL.）为研究对象，通过原位监测和室内实验，分析太湖水质的时空变化规律和两种沉水植物分布区的水质状况及其空间差异，比较了不同水质条件下两种沉水植物的生理特征，并采用高通量测序法，比较了不同水质条件下两种沉水植物根际微生物分布特征。主要研究结果如下:　　(1)马来眼子菜主要集中分布于湖东区、东太湖、贡湖湾、南太湖，菹草主要分布于湖东区、东太湖、贡湖湾、梅梁湾、竺山湾，两种沉水植物分布区域及沉水植物在太湖不同分布湖区间的水体综合营养状态指数及富营养化关键影响因子存在显著差异。　　(2)水体富营养化对马来眼子菜和菹草叶绿素含量及过氧化物酶活性有一定的影响，水质因子SD、TN、TP、CODMn、Chla对两种沉水植物生理指标的影响不尽相同。总体上来看，氮磷营养盐、水体透明度是影响马来眼子菜和菹草叶绿素含量、过氧化物酶活性的主要因素，CODMn、Chla对游离脯氨酸的影响更大。　　(3)菹草根际细菌群落丰富度指数和多样性指数在其水质差异较大的各分布湖区间存在显著差异;当水体达到中度富营养化程度时，马来眼子菜和菹草根际细菌群落丰富度和多样性指数有所降低。水质因子SD对马来眼子菜根际细菌丰富度和多样性指数影响更大，而对菹草的影响较大的是TP。(4)水质对太湖马来眼子菜和菹草的根际优势细菌及其相对丰度也有一定的影响，在门、纲、目、科、属等分类水平下，同种植物在水质条件不同的湖区中存在很多相对丰度差异显著的功能细菌。