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水稻是世界上最重要的粮食作物之一，而水稻的大多数重要农艺性状都是受数量性状控制的，研究其遗传机理对于作物育种具有非常重要的意义。单片段代换系(singlesegmentsubstitutionline，SSSL)是一种永久性的分离群体，它消除了遗传背景的影响，对于性状鉴定，基因定位和基因克隆部起到非常重要的作用。本研究以分子标记辅助选择为手段构建单片段代换系群体，利用基本覆盖水稻全基因组的单片段代换系对水稻稻瘟病抗性进行了鉴定，并对抗性QTL进行代换作图。主要结果如下：
1.以华粳籼74为受体，以7个来源广泛的水稻品种为供体，建立了87个单片段代换系，这些单片段代换系分布于水稻11条染色体上，平均每条染色体有12.4个，代换片段的总长度为785.20cM，平均每条染色体的代换片段长度为65.43cM，7个供体对水稻基因组平均覆盖长度为62.00cM，平均覆盖率为4.0％，对水稻全基因组的覆盖率为34.16％。
2.2005年早季在从化2次检出与华粳籼74有明显叶瘟抗性差异的单片段代换系，龙川检出1次，阳江检出7次；晚季在从化检出1次与华粳籼74有明显叶瘟抗性差异的单片段代换系，龙川检出3次，阳江检出2次；早季在从化检出28次与华粳籼74有明显穗瘟抗性差异的单片段代换系，龙川检出8次，阳江检出21次；晚季在从化检出1次与华粳籼74有明显穗瘟抗性差异的单片段代换系，龙川检出3次，阳江检出11次。在从化、龙川和阳江三地的早、晚两季共计88次检出与华粳籼74有明显抗性差异的单片段代换系，除去重复筛选的单片段代换系，一共有66个单片段代换系被检测出来。
3.对鉴定出有明显抗性差异的66个单片段代换系进行代换作图，总共定位了34个基因座位，它们分布在10条染色体上，重叠区间长度在0.85-40.50cM之间，平均每个QTL的重叠区间长度10.63cM，10个QTL的重叠区间长度小于5.00cM。定位的34个抗性QTL中，有11个为前人研究已定位，另外23个尚未见有关报道。
本研究通过对水稻稻瘟病抗性基因进行了鉴定和定位，发现了一些田间抗性良好的材料，并且新定位出一些水稻稻瘟病抗性QTL，为水稻抗病育种和抗性遗传机理研究提供了一个新的平台和思路。