利用高通量测序技术检测宫颈癌基因突变的研究

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目的:应用高通量测序技术对宫颈癌患者进行基因突变检测,旨在了解宫颈癌基因突变谱,并分析常见基因突变与宫颈癌临床病理因素之间的关系,为寻找宫颈癌的关键基因突变以及潜在药物治疗靶点奠定基础。方法:收集2016年12月至2018年1月期间在广西医科大学附属肿瘤医院妇瘤科住院的28例宫颈癌患者的临床资料及其福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded,FFPE)组织样本、血浆样本和血液白细胞样本(组织及血浆样本作为实验组,血液白细胞样本作为对照组),分别对样本进行基因组DNA提取,并通过Illumina Hiseq4000测序平台,采用高通量测序技术进行基因检测,包括构建测序文库、利用422 panel探针靶向富集目标基因片段、上机测序及生物信息学分析等步骤,获取所有患者的基因突变结果并进行汇总分析。结果:1、在28例宫颈癌患者中,92.9%(26/28)的患者均检测出基因突变,共鉴定出99个突变基因。排名在前10位的基因突变分别为:PIK3CA(46.2%)、RB1(15.4%)、AKT2(11.5%)、FAT1(11.5%)、KMT2B(11.5%)、MCL1(11.5%)、MYCN(11.5%)、PKHD1(11.5%)、RPTOR(11.5%)及STK11(11.5%)。其中检测到与文献报道相吻合的突变基因有:PIK3CA(46.2%)、RB1(15.4%)、AKT2(11.5%)、STK11(11.5%)、ATM(7.7%)、ERBB2(7.7%)、KARS(7.7%)及PTEN(7.7%),这些基因单个或多个突变造成宫颈癌患者在肿瘤大小、分化程度、脉管癌栓及淋巴结转移与否方面出现差异(P<0.05)。2、宫颈癌患者基因突变类型包括错义突变、无义突变、移码突变、插入缺失突变和拷贝数变异等,其中以错义突变及拷贝数变异最为常见。3、宫颈癌患者基因突变主要涉及到的信号通路有:PI3K-AKT信号通路、FoxO信号通路、Ras信号通路等。4、本研究中最常见的突变基因PIK3CA位于3号染色体,其发生突变的外显子位点依次排序为:Exon9(75.00%)、Exon8(8.33%)、Exon19(8.33%)及Exon20(8.33%)。在这些患者的PIK3CA基因亚型中,所占比率依次排序为:E452K(33.33%)、E545K(25.00%)、E453K(8.33%)、R899H(8.33%)和H1047R(8.33%),并且突变类型均为错义突变(100%)。PIK3CA基因突变与患者的组织病理学分级(即分化程度)存在相关性(P<0.05),而在年龄、民族、肿瘤大小、临床分期、组织学类型、淋巴结转移与否以及有无高危型HPV感染方面,差异均无统计学意义(P>0.05)。PIK3CA基因涉及到的PI3K-AKT信号通路,其异常(即PIK3CA或AKT2出现突变)与患者的病理类型、分化程度、脉管癌栓及淋巴结转移均存在相关性(P<0.05),而与年龄、民族、肿瘤大小、临床分期以及有无高危型HPV感染之间的差异无统计学意义(P>0.05)。结论:宫颈癌患者中普遍存在基因突变,而且以多基因突变为主。其中,PIK3CA是宫颈癌患者最常见的突变基因,其主要涉及的信号通路是PI3K-AKT信号通路。PI3K-AKT信号通路是宫颈癌致病过程中可能涉及的众多通路之一。PIK3CA突变及PI3K-AKT信号通路的异常与宫颈癌患者的肿瘤分化程度、脉管癌栓及淋巴结转移等密切相关,可能是宫颈癌的药物治疗靶点,关于其与宫颈癌之间的关系值得进一步研究验证。此外,通过本研究,发现了一些新的基因突变,扩展了宫颈癌的基因突变谱。
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