农产品质量安全问题事关国计民生，不仅威胁着消费者的身体健康和生命安全，也影响我国农业的可持续发展，而造成这一问题的主要原因是各经济主体间缺乏诚信交易。在本研究中，笔者将涉及农产品诚信交易各环节的各经济主体、政府相关部门以及消费者纳入到一个具有自组织性、动态性、整体涌现性等复杂性特征的农产品诚信交易系统中。而协同学以复杂性系统为研究对象，在一定条件下，能够使系统从无序（低级有序）到高级有序转变。本文的研究目的是在协同理论思想指导下，构建促进农产品诚信交易的协同机制，从而保障农产品的质量安全。本文研究的基本思路及主要观点有：（1）提出目前环境下农产品诚信交易中存在的主要问题，并分析农产品生产者、中间商、消费者及政府基于自身立场的诚信交易需求。基于此，分别从博弈论视角和协同视角探究阻碍农产品诚信交易的主要因素，即参与诚信交易各方的协同性不足。而强化农产品生产环节、流通环节和监管环节中各方的协同关系能够不断优化农产品诚信交易系统结构使其从低级有序向高级有序转变。（2）在协同理论思想指导下，明确保障农产品诚信交易系统协同运作的关键是分析并确定系统的序参量，论文通过探索图法定性分析系统的序参量为组织化程度、信息共享程度和监管效率。在目前环境下，三者为不良序参量，其相互作用会降低系统的整体效率，因此需要加以改良使其支配系统向高级有序演变。为从根本上保证农产品的诚信交易，还需设计整体机制促使序参量支配农产品诚信交易系统有序运行。（3）设计农产品诚信交易协同机制并采取保障措施促使各项机制有效发挥作用。农产品诚信交易协同机制包括生产诚信协同机制、流通诚信协同机制以及监管诚信协同机制，各项机制围绕系统协同运作这一主旨相互作用，共同提高农产品诚信交易的协同性。为保障各项机制能够有效发挥作用，还需采取措施完善系统内各经济组织的自身建设以及不断加强外部制度环境建设。