长期以来,由于我国刑事诉讼法不适用缺席审判制度,对逃匿、死亡犯罪嫌疑人、被告人违法所得的处置一直没有确切的依据。为及时有效打击腐败犯罪,解决涉案财产和有关赔偿问题,更为满足司法实践的迫切需要,新刑诉法中关于腐败犯罪违法所得的没收程序应运而生。本文即是围绕新刑事诉讼法第五编第三章的规定,对这项新程序的基本理论和实践问题展开研究。论文主要分为四个大部分：第一部分从腐败犯罪违法所得没收程序的理论基础出发,首先通过比较不同种类的没收,并对违法所得的含义和范围进行阐释,界定腐败犯罪违法所得没收程序的定义。其次对程序的主要特征进行了归纳和总结。腐败犯罪违法所得没收程序的理论依据,主要来自利益衡量原则、效率侧重原则和惩罚犯罪与保障人权平衡原则。可以看到,它具有实现刑罚的及时性效果、威慑潜在犯罪人的腐败心理,提供请求外国司法协助依据的设立意义。第二部分详细介绍了美国的民事没收制度、英国的民事追索制度和新加坡《没收贪污所得法》中对潜逃者的没收,结合联合国《反腐败公约》第54条第1款第3项的规定,对独立的没收制度进行利弊分析,归纳、总结国外先进的法律制度和国际公约对我国刑诉法的启不。第三部分从实践出发指出程序运作过程中可能会出现的问题。与正当程序之间的矛盾、程序在我国刑诉法中的地位不明确,以及具体的适用范围、启动条件和证明标准和相关保障措施,仍存在法律空白之处。第四部分针对上述问题,逐一进行了解答。首先区别设置违禁品及其他危险物品与一般违法所得的处理程序、国内财产与境外财产的处理程序。第二,对逃匿、死亡情形下腐败犯罪违法所得没收程序的具体操作措施提出完善建议。第三,对腐败犯罪违法所得没收程序的具体适用范围进行明确,并创设适用于此程序的证明标准。第四,提出必须公开开庭审理、设立强制辩护制度和逃匿犯罪嫌疑人、被告人归案后的撤销制度等保障措施。最后,完善适用程序错误造成损失后的赔偿措施。至此,笔者对腐败犯罪违法所得没收程序从理论到实践进行了全面的探讨。研究可得,腐败犯罪违法所得没收程序是顺应时代发展的产物,在打击腐败、追回资产、实现诉讼的目的和价值上都将发挥巨大的作用。每一项新的制度出现或多或少都会暴露一定的问题,本文即是基于程序在使用过程中可能出现的问题,参考国外有益经验,结合我国国情,提出相应解决措施和完善意见。