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在世界范围内,链格孢属真菌是引起农作物发病的重要病原菌,特别是其中的大孢子种,可引起许多重要作物黑斑病,造成巨大的经济损失。而链格孢属的分子分类鉴定研究还不完善,本研究主要对链格孢属大孢子种进行收集及鉴定,深入了解链格孢属真菌的存在状况,发现更多的链格孢属大孢子种新种资源,为今后相关真菌分类及病害研究奠定基础。本研究从云南的大理、昆明、西双版纳,青海西宁,甘肃兰州、渭源会川,陕西西安,河南郑州、灵宝、郏县等地采集了1000余份植物病害标本,并进行分离培养,共得到链格孢小孢子种117株,链格孢大孢子种8株。整理实验室保存链格孢大孢子种17株,共计25株,进行形态学鉴定。将25株链格孢大孢子种鉴定到种的21株,鉴定结果为:ZMJ30为百日菊链格孢A.zinniae、ZMJ73为胡萝卜生链格孢A.daucicola、ZMJ72为人参链格孢A.panax、ZMJ10为雪叶莲链格孢A.cinerariae、ZMJ81为车前链格孢A.plantaginis、ZMJ80为A.ranunculi、ZM140768-1为大孢链格孢A.macrospora、ZM140773为侵染向日葵链格孢A.helianthinficiens、ZM131190为向日葵链格孢A.helianthi、ZM141147为万寿菊链格孢A.tagetica、ZM140227为万寿菊生链格孢A.tageticola、ZM141179为胡萝卜链格孢A.dauci、ZM12272-1为葱链格孢A.porri、ZM140831为芸薹链格孢A.brassicae、ZM030316为鬼针草链格孢A.pilosa、ZM030296为蒺藜链格孢A.tribuli、ZM030201为葎草链格孢A.humuli-scandens、ZM160038为茄链格孢A.solani、ZM160039为大孢链格孢A.macrospora、726546和726547均为蜂斗菜链格孢A.petasitis;ZMJ76、ZM12268-a、ZM12260-b、ZM12250-a这4个为未知种。其中,共发现新种3个,即车前链格孢A.plantaginis、万寿菊生链格孢A.tageticola、鬼针草链格孢A.pilosa。证明新病害2个,即大孢链格孢A.macrospora引起西红柿叶斑病,雪叶莲链格孢A.cinerariae引起蜂斗菜叶斑病。从真菌分类研究中常用的基因ITS、EF-1α、HIS、RPB2、ACT、OPA2、APN2、Gpd。中,根据扩增率和扩增产物是否单一,即琼脂糖凝胶电泳条带是否单一,来判断某一个基因是否是个链格孢大孢子种的分子鉴定。最终筛选出来5个扩增率较高,条带单一的基因,即ITS、EF-1α、HIS、RPB2、ACT。扩增出的目的片段大小依次为:573bp、339bp、426bp、951bp、436bp。参试的链格孢大孢子种共计21个,基于ITS、EF-1α、HIS、RPB2、ACT这5个基因的序列,并下载链格孢属相关的基因序列,用MEGA6.06的最大似然法(Maximum likelihood estimate)分别进行系统发育树的构建。利用计算机的cmd命令调用相关软件在对每一个菌株的5个基因序列进行拼接,将拼接好的序列同样用MEGA6.06的最大似然法(Maximum likelihood estimate)进行系统发育树的构建。对系统进化树分析后发现,ACT基因的保守性最强,对链格孢大孢子种的区分度比较小,只能将大孢子种和小孢子种明显区分成两个部分,将菌株ZMJ72鉴定为人参链格孢A.panax,将ZM160038鉴定为茄链格孢A.solani,而其他大孢子菌株都无法鉴定到种。ITS基因也相对较为保守,只能把大孢子种和小孢子种分成两个独立的部分,将菌株菌株ZMJ72鉴定为人参链格孢A.panax。EF基因的保守性最弱,外群和小孢子种聚合在一起,证明,虽然EF基因的扩增率较高,条带单一,但是扩增出的片段大小不一,比对及建树后发现EF基因不适合作为链格孢属分类鉴定的参考基因。HIS基因也相对较为保守,不能将大孢子种和小孢子种明显区分开。RPB2基因在链格孢属分类鉴定中的表现相对较好,不仅能够将大孢子种和小孢子种区分开,还能将菌株ZM141179为胡萝卜链格孢A.dauci,ZMJ72为人参链格孢A.panax。多基因聚合后建树之后,总体来说,多基因聚合鉴定比单基因鉴定更加有效,能够将多数种区分开,但是仍有部分种不能有效区分,这部分种需进一步研究鉴定到种。