专控计算机是一种重要的敏感文件管理工具，可以用以存储大量的敏感文件，但它在提供数据安全保证的同时也存在一定的安全隐患。“斯诺登事件”发生后，信息安全成为新的热点，由于专控计算机中存放数据的敏感性，必须采取有效措施保护其中存储文件数据的安全。目前，尽管专控计算机已经采取了与互联网物理隔离的方法，但仍然存在系统访问控制方式简单、数据能够随意访问和复制的问题。通过USB、光盘等引导介质访问计算机可以绕过原有的系统数据访问控制机制，从而获取专控计算机中的文件数据，造成敏感数据泄露或丢失。此外，专控计算机大量数据都是以明文数据的形式存放，一旦磁盘丢失，也会造成数据外泄。针对上述问题，为了提高专控计算机文件数据保护的安全强度，本文研究了文件系统原理、加密文件系统实现原理、USB Key技术和数据加密算法，设计了目录数据分离存储的文件存储方法，自制了USB Key硬件设备，实现了一个分离式文件存储系统。系统主要由USB Key安全管理中心和专控计算机客户端程序两部分组成，用以实现对专控计算机文件数据的全面保护。