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体色是鱼类一种较独特的表型性状，有重要的生物多样性价值和遗传学理论研究价值。鱼类体色变异研究一直是脊椎动物遗传学、进化生物学和系统发育研究的重要内容。瓯江彩鲤（Cyprinus carpio var. color）体色类型丰富，有“全红”、“大花”、“麻花”、“粉玉”和“粉花”等多种体色，是鱼类体色遗传研究的良好材料和模型。本论文在实验室前期研究工作的基础上，对黑色素合成通路中的二个关键基因－黑素皮质素1受体（MC1R）和酪氨酸酶基因（TYR）进行了克隆、体色间表达差异分析和选择压力分析。具体内容如下：1.瓯江彩鲤体色相关基因（MC1R）的克隆和表达分析。黑素皮质素1受体（melanocortin1receptor, MC1R）是动物黑色素合成通路中的关键基因之一，对动物的体色和毛色有重要影响。本文克隆了瓯江彩鲤的MC1R基因，并进行了“全红”、“大花”、“粉玉”、“粉花”四种体色间的表达差异分析。研究发现，瓯江彩鲤的MC1R基因的全长cDNA序列为1914bp，包括637bp3’-UTR（非转录区）、311bp5’-UTR及966bp ORF （开放阅读框）。该基因由一个外显子编码（321个氨基酸），有7个跨膜结构域。瓯江彩鲤与鲫的编码区核苷酸同源性达98%，与斑马鱼达93%；不同体色间的编码区只存在一个核苷酸无义突变（C/G），因而氨基酸序列完全相同。qRT-PCR表明，MC1R基因在眼睛的表达量显著高于皮肤、肌肉、鳃、肾脏、鳔、心、肝等组织（P<0.05）；但在四种体色间不存在显著的表达差异（P＞0.05）。本研究结果表明：瓯江彩鲤体色类型中的黑色斑块不是由MC1R基因直接决定，还有待其它体色相关基因或调控因子的研究。2.瓯江彩鲤体色相关基因（TYR）的选择压力分析酪氨酸酶（Tyrosinase，TYR）是黑色素合成中的关键酶或限速酶。本部分在实验室前期已对瓯江彩鲤酪氨酸酶基因克隆的基础上，选取该基因转录子1（TYR-1）的第一外显子部分序列，进行“全红”、“大花”、“麻花”、“粉玉”和“粉花”五种体色间的DNA序列差异和选择压力分析。结果发现：在分析的468bp序列长度中，共发现44个核苷酸变异位点，归结为9个氨基酸变异位点，五种体色类型在该基因存在显著的遗传分化（FST=0.0198-0.3717，P<0.01）；选择压力分析（Z-检验）显示，五种体色在分析序列中的dN/dS值为0.070-0.103，均小于1；应用Codeml模型（M2a和M8）的选择位点检测发现：“麻花”的1个氨基酸位点，“全红”、“粉玉”和“粉花”的2个氨基酸位点，“大花”的4个氨基酸位点存在显著的选择压力，其它位点均为净化选择。此部分结果表明：人工或自然选择压力对瓯江彩鲤酪氨酸酶基因的作用十分有限，体色性状能表现为较为稳定的遗传。