校企合作创新能够有效促进科研成果的产业化以及我国创新能力的快速提升，其成功与否很大程度上取决于校企双方收益分配是否合理。本文引入过程阶段思想，结合技术创新孵化过程，将校企合作创新划分为合作启动阶段、合作决策阶段、合作实施阶段（基础研究与应用阶段和生产与商业化阶段）和后续收尾阶段，着重探讨校企合作创新的过程演进与校企合作双方之间收益分配的动态均衡机制。　　本文首先对收益分配的基础进行分析，确定收益分配动态均衡的条件、收益分配模式和特点;其次，在校企合作创新合作决策阶段对校企合作创新收益分配契约达成的初始均衡条件进行分析，根据调查问卷构建影响校企合作创新收益分配契约达成的因素的指标体系，进而利用主成分分析法对选取的风险认知、预期收益与分配方案、校企双方合作能力、项目本身外界支持、合作经历和意愿和能力培养七个影响因素进行SPSS分析，得出影响校企合作创新收益分配契约达成的关键性因素，并进一步对校企合作创新收益分配契约达成初始均衡状态进行分析。最后在校企合作创新决策阶段收益分配契约初始契约达成后，主要针对合作实施阶段进行收益分配的动态均衡机制分析，选取校企双方能力投入、工作努力程度、风险性成本系数和阶段性收益分配满意系数等因素，建立基于创新过程的校企合作创新收益分配的动态均衡机制模型并分析得出结论:校企合作创新收益分配与合作双方的投入水平、工作努力程度、阶段性收益分配满意系数正向变动，与双方风险性成本系数反方变动;同时，基础与研究阶段的收益分配方案不同于生产和商业化阶段的收益分配方案，反映了校企双方对于收益分配的意愿，随着合作创新过程的进行发生变化，制定动态变化的收益分配方案可以保证校企合作收益分配的公平合理，对其顺利进行具有重要作用。