佛教的三自性理论作为唯识思想的一部分,首先在《解深密经》中被提出,而后受到大乘佛教时期瑜伽行派的推崇,将唯识思想与三自性思想相结合,形成了独特的佛教认识论的体系。三自性思想的发展与佛教发展息息相关,其结构也因唯识思想的加入而复杂化,由单层结构向双层结构过渡。三自性理论虽然是作为唯识思想的一部分,但是它不仅仅只与唯识宗有关。在藏传佛教发展的初期,寂户和莲花戒就成立了随瑜伽行中观派,将唯识思想与中观思想统一的结合了起来,使得佛教的发展实现了唯识思想与中观思想相统一的局面。在后弘期藏传佛教的各个教派都广泛吸收唯识与中观的思想形成自身的判教体系。用三自性思想可以与藏传佛教各个教派的思想相结合。三自性思想与佛教最基本的思想是息息相关的,佛教最基本的缘起思想在三自性理论中安立为依他起性,所以只要是佛教,只要承认缘起,三自性思想的理论都可以进行安立。三自性思想在藏传佛教体系中显现出明显的不同,格鲁派在三自性理论体系的吸收借鉴上更多的去讨论三无性思想,宁玛派与觉囊派直接将三自性理论与中观思想相结合,形成了独特的中观思想,噶举派和宁玛派的思想也都显现了三自性思想。藏传佛教各个教派都认可三自性理论体系,只不过对其吸收借鉴的程度不同。藏传佛教的三自性理论具有哲学意义与价值,是讨论现代哲学发展的重要参考。