人们已在众多生物线粒体和生物细胞核中发现了普适密码的反常现象,但这方面的理论研究还相对较少。论文主要致力于各类物种线粒体及细胞核的反常密码的研究,目的是给出反常密码统一的理论解释和推导线粒体、细胞核非标准密码表的进化关系,指出各个非标准密码表都可能是标准密码表进化变异的结果,反常密码出现的顺序关系与物种进化的历史顺序基本一致。全文共分三章: 第一章综述了遗传密码的基本特点,给出了反常密码的统一理论解释和理解密码进化必要的基础知识; 第二章根据突变危险性极小化法,导出线粒体及细胞核非标准遗传密码表的总体突变危险性极小表,证明了各非标准遗传密码表是在一些约束条件下的总体突变危险性极小表,这项工作给出反常密码统一的理论解释,说明反常密码仍遵循分子进化的稳定性原理,并受到冻结偶然性制约,同时也反映出它们由标准密码表演变而来的痕迹; 第三章建立了一个统一的理论模型,提出距离幅定义规则(DADR),分别构建标准密码表与线粒体非标准密码表、标准密码表与细胞核非标准密码表之间的进化关系,得到的进化关系和物种出现的历史顺序相吻合。此项研究还发现氨基酸与终止信号间的无义突变和其逆过程是重建进化树的关键因素。