近几年,社会经济不断运行发展,事业单位在社会中的功能越来越重要,由于国内环境复杂且不断变化和发展,使得事业单位需要不断适应新环境,环境的变化深刻影响着事业单位的经济活动、运行管理以及事业单位的功能定位等方面。因此,改革成为事业单位必经的发展之路,比如制度方面需要不断完善、单位资金运用和管理的改革、以及为社会提供的服务方式的变革等,如果不改变事业单位现有的状态,事业单位的生存和发展将会面临更大的挑战。良好的内部控制作为保障单位健康运行的基础手段,同时也促进和有效监督着单位资金的管理和使用效果。虽然近几年,有关事业单位的管理制度层出不穷,但是由于事业单位的职能职责不同于政府机关的职能职责,有其主要从事的经济活动,因此事业单位仍然存在很多问题,比如存在管理制度不健全的现象,部门职责划分不明确,没有单独设置监督管理人员和具体岗位等现象。目前事业单位的形势变得越来越严峻,而内部控制的研究以及对其事业单位的影响成为了热门话题。随着《行政事业单位内部控制规范(试行)》的颁布和实施,事业单位的内部控制建设更多的以该规范作为参考标准和依据,同时很多研究理论的专家也开始慢慢的关注事业单位的内部控制建设,也取得了一定的成效。但因为我国事业单位的内部控制发展的比较晚,很多方面还存在着不完善。因此,本文主要以事业单位业务层面的内部控制流程为研究对象,并且以具体的案例M水利单位为例,主要剖析M水利单位业务层面的内部控制流程的现状和主要问题,比如预算编制流程不合理,收支业务流程存在风险,政府采购业务运作程序不合理,资产管理流程混乱,建设项目立项缺乏可行性分析等,并且分析现行存在问题的原因,然后提出优化M水利单位业务层面的内部控制流程的相关措施,比如规范预算、收支、政府采购、资产管理和项目建设的业务流程,完善预算编制和审批流程,监督收支业务流程,健全政府采购内部管理制度,完善资产管理流程,加强建设项目立项与监督等具体措施,从而为其他事业单位内部控制流程建设提供一些依据。希望通过本文研究M水利单位的问题及提出的改进措施,能够为其他事业单位在业务层面内部控制流程建设方面提供更多的参考价值。