基于Agent的生物信息服务平台的关键技术研究

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目前,生物学相关数据的积累速度大大超过了人们的预计,这就需要整合现有的各种生物信息收集、储存、处理和分析方法及工具进行联合服务,通过互连、组合、协作解决生物学需要解决的问题。网络技术作为一种有效的手段,能够连接各种自治资源和系统,以实现资源共享、协同工作和联合计算,可以大幅度地提升处理海量生物信息的能力,解决上述的问题。同时,我们也注意到了正在快速地发展和普及的,具有移动性、易用性、灵活性等多种特点的无线计算环境,它将会为生物科学研究提供高附加值的解决方案。 我国已开始计划建立一个国家公共生物信息服务平台,以整合有效的数据,提供高效、易用、有特色服务。此外,一些研究单位也需要建立围绕自己研究的,有特色的平台。本论文的背景就是建立一个基于Agent技术的生物信息服务平台。它能够为生物信息学的研究工作提供可靠、稳定的服务,如对远程生物数据库的信息检索与整合、自行开发的模型库和工具的使用、在线协同研究和交互式学习等,并且需要适合于不同的终端设备。针对这样的需求,本文主要研究以下四种关键技术:(1)服务平台需要实现一个有效的通信机制来支持平台Agent之间灵活复杂的协调策略:(2)服务平台需要采用移动Agent的异步迁移机制来实现无线计算环境下远程生物数据库的信息检索;(3)服务平台需要采用模型库技术来管理生物信息学研究过程中产生的定量化模型,如我们自行开发的基于Z曲线SARS基因序列协同研究模型和基于元胞自动机的乙肝基因序列分析模型;(4)服务平台需要提供基于多Agent的,面向无线计算环境的多设备、多接入方式、多用户的多媒体内容的协同浏览服务,以支持无缝的在线科研协作。 首先,论文提出了生物信息服务平台系统的架构设计,给出了系统框架的模块组成及其设计理念。该架构同时对无线计算环境的也提供了支持。接着详细地说明了平台系统各模块的功能和实现这些功能涉及的技术和服务,体现了系统全面的功能,可以为该领域的发展提供一个有益的科学的尝试。
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