本研究采取定性与定量相结合的方法，在大量的调查研究基础上，就生态清洁小流域三道防线的概念、划分原则、三道防线划分的指标体系以及三道防线水土流失治理措施体系做了深入的研究。 (1)生态清洁小流域三道防线是按照“保护水源、改善环境、防治灾害、促进发展”的总体要求，围绕水资源保护，将小流域划分为“生态修复区、生态治理区、生态保护区”三道防线。 第一道防线，生态修复区，位于远山中山及人烟稀少地区，山高坡陡，土层浅薄，遇暴雨易造成严重的水土流失，并且泥石流、滑坡等自然灾害时有发生。 第二道防线，生态治理区，位于山麓、坡脚等农业种植区及人类活动频繁地区，生态环境脆弱，水土流失严重，是泥沙的主要来源；同时是村镇及旅游业集中区域，生活污水排放和垃圾堆放量大；农田和园地农药化肥使用量大，是非点源污染的主要发生地；因开发建设活动等人为造成的水土流失严重。 第三道防线，生态保护区，位于河(沟)道两侧及湖库周边，是挖沙、采沙及废弃物投弃的主要区域；同时由于湿地萎缩，水体自然净化能力差。 (2)综合分析了降雨、植被、地形、土壤、地质、土地利用现状及地貌等因子对小流域内水土流失影响，筛选了地貌部位、土地利用现状、植被盖度和坡度四个因子作为三道防线划分的指标。 (3)以密云县为例，应用RS和GIS实现了三道防线划分指标提取。在此基础上分析了小流域间和小流域内指标分布的规律，建立三道防线划分指标体系。 (4)在三道防线以及社会主义新农村建设思想指导下，对三道防线小流域综合治理措施体系配置做了初步研究，即： 生态修复区，人口相对稀少、人为活动较少，主要采取生态移民、封禁措施及相应的政策保障措施，使生态环境通过自我修复，培育植被，在小流域最上游地区形成第一道生态防线，以达到涵养水源之目的。封山育林的方式主要全封、半封和轮封。生态治理区，人口相对密集，农地面积较大，人为活动对环境的干扰也最为强烈，自然植被覆盖度较低，水土流失为严重，同时具有点源污染和非点源污染，系统受干扰严重，该区由于土地利用形式多样，根据不同的土地利用方式将其划分为农业区、工业区、居民生活区和观光旅游区，在各个区根据其自身的特点，分别采取相应的农业生产措施、小型水利水保工程措施、污水及垃圾处理措施、绿化美化措施、生物措施和管理措施。重点治理生活污水垃圾和生产过程中的“三废”对环境的污染，建立垃圾、污水处理措施的空间布局，同时做好新农村建设中居民生活区的道路硬化、街道亮化和环境美化工作。 生态保护区是接受污染物最多的一个区域，是三道防线的最后一道防线，主要采取沟道水土保持措施、河道整治措施和河岸植被缓冲带建设等措施，综合利用湿地、水陆交错带和生态过渡带拦沙滤水，净化水质，美化环境，形成第三道防线。