政府与大学的关系问题，既是一个古老的问题，也是我国高等教育管理改革一直关注而又难以解决的问题。本研究选取治理理论这一独特的研究视角，通过介入第三部门组织的力量，形成政府、大学和社会第三部门的三维研究空间，打破了以往传统的政府与大学关系研究要么只从政府本位出发或要么只从大学本位出发的固定框架，旨在解构过去政府与大学之间原有的统治与被统治关系，重构出两者新型的合作伙伴关系，为我国大学的健康发展创造出一个良好的外部制度环境。这是一个高等教育发展的内外部环境正在发生着巨大变化的变革时代。高等教育国际化、市场化、大众化已成为必然趋势，高等教育管理体制改革正如火如荼地进行，建立现代大学制度的呼声日益高涨，一流大学的建设正紧锣密鼓地加快步伐。在这样的新形势、新背景下，理顺政府与大学的关系就日益显得迫切和需要。但长期以来，由于政府与大学之间缺乏一系列制度化措施来规范和保障两者的关系，使得处于强势一方的政府常常可以任意干预大学事务、侵蚀大学的办学自主权。大学是属于非政府、非营利性质的学术组织，而不是行政组织，大学以知识的发现、发展和创造为使命，因而政府对大学的管理必须符合和遵从大学的组织属性和服务宗旨，这样才能促进大学的健康发展。要达此目的，政府对大学的管理模式必然要发生实质性转变，即从过去的统治模式走向治理模式。治理是各种公共的或私人的个人和机构管理其共同事务的诸多方式的总和，它包括有权迫使人们服从的正式制度安排，也包括人们同意的非正式制度安排。从统治走向治理，既是政府对社会公共事务管理改革的趋势，也是高等教育管理改革的方向。治理型的政府是有效和有限的政府，而不是“全能”政府，因此，高等教育的治理要求改革政府过去对大学垄断统治的局面，要联合其它各种社会力量对大学实施共同治理。在不同历史时期，由于社会背景的变化以及政府权能的扩展，西方国家政府与大学的关系模式是不一样的，两者的关系经历了大学自治、政府介入大学事务、政府对大学管制逐渐加强这一主流发展脉络。现在，政府与大学之间的关系模式开始进入一个全新时代——以合作为基础的治理模式。但由于世界政治经济日益多元化的趋势以及各国基本国情的差异，使得各国政府在有关高等教育治理模式的选择上，表现出多元化特征。这种治理模式又有市场治理型、参与治理型、解制治理型、弹性治理型等几种表现形式。在计划经济体制下，我国政府对大学的集权控制管理已造成诸多弊端，影响了大学的健康发展。随着我国社会主义市场经济体制的建立和政府职能的转变，政府与大学的关系也由过去的直线关系转变为三角关系，通过“共建、调整、合作、合并”等改革措施，使大学的办学自主权得到扩大和保障；在新时期，政府对大学的管理要从直接控制转为间接管理，政府的主要任务是培育大学竞争市场，具体表现在培育市场主体、促进市场体系的形成、加快国内竞争市场与国外竞争市场的对接等方面；在高等教育服务提供方面，也要从过去政府的垄断提供转向社会化提供，形成高等教育服务提供多元并存的局面，使公众有更多选择教育服务的权利。从统治与被统治关系转向合作伙伴关系是治理视野中政府与大学关系的新愿景。要实现这一目标，必须改革我国当前大学单位制度的存在，使大学从事业单位走向公共事业的拓展;确立大学的独立法人地位，使大学能独立地面向社会和市场自主办学;重构政府的公共权力，克服政府独家垄断管理权力的现状，将部分权力回归给大学和社会；推行多中心治理模式，大力发展和培育第三部门组织力量，使其成为多中心治理的重要一极；构建出政府、大学与社会组织之间的参与协商机制，使政府与大学之间的合作伙伴关系制度化和法制化，以保证大学的合法权益.