为了研究西太平洋暖池核心区 Ontong-Java海台中微生物群落及多样性，本研究以PCR技术为基础，对古菌和细菌分别构建了6个不同层位的16S rDNA基因克隆文库。经 PCR扩增、基因序列测序、序列大于或等于97％相似度分析以及序列提交到在线杂合子检测系统以检测其是否为杂合子序列；共得到古菌的有效克隆561个，135种RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP)带型和50个基因操作分类单元（Operational Taxonomic Units，OTUs）。共得到细菌的有效克隆539个，91种RFLP带型和62个OTUs。　　通过系统发育树的分析得出，本研究中古菌和细菌的序列与来自各种海洋环境中的序列有较高的同源性并且绝大多数是不可培养的。古菌均属于泉古菌（Crenarchaeota）（45.3％）和广古菌(Euryarchaeota）（54.7％）。Marine Group II（MG II）(49.0％)和Marine Group I（MG I）（45.1％）为古菌的优势类群。细菌包含了8个不同的类群，包括变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、蓝澡门（Cyanobacteria）、拟杆菌门（Bacterioidetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、浮霉菌门（Planctomycetes），以及一个未确定的类群。其中变形菌门包括 Alpha-（α-）、Gamma-（γ-）和Delta-（δ-）变形菌亚门，在细菌的研究中Gamma-变形杆菌亚门为绝对优势类群。　　香农威纳指数（H）、辛普森指数（1/D）及均匀度（J）等多样性指标和稀释度曲线图显示，古菌克隆文库的的CWP-A在6个层位中的多样性最高，而细菌OWP-D的多样性最高。　　对西太平洋暖池核心区 Ontong-Java海台古菌和细菌中的群落结构进行比较分析发现，西太平洋暖池核心区 Ontong-Java海台细菌多样性较高，共获得8种细菌类群，古菌的多样性与细菌相比较低均属于泉古菌域和广古菌域只包含了4个类群。本研究为今后大范围自然海区微生物调查及海洋微生物资源的开发利用提供了一定的科学依据。