协同创新是现代大学顺应社会发展需要而产生的一种新的科学研究范式。它不仅是大学提高创新能力和科研效率的必然选择,也是现代大学创新由分裂走向融合、由分散走向集成的内生需求。目前现代大学科研组织以知识生产和知识传播为主的科学研究理念、科层制文化的桎梏以及单一而壁垒森严的组织结构阻碍了协同创新的推进。因此,在协同创新的理念下,现有的大学科研组织必然需要进行变革,以适应组织内外部协同的要求。本研究对于丰富了伯顿·克拉克的组织理论,同时对现代大学科研组织变革的制度设计和路径选择都具有积极意义。本研究主要运用文献研究法、历史研究法以及多学科研究法,基于协同创新的视角,以伯顿·克拉克组织理论中的信念、权力和工作三个范畴为分析框架,对现代大学科研组织的挑战进行了多角度的分析:在信念文化上,协同创新重视知识的效用,强调科学技术与经济社会效益的协同;在两种权力的分配上,协同创新需要研究人员拥有更多的学术权力,来自由利用创新的人力、物力以及财力等资源;在组织结构上,协同创新需要更为灵活的结构来确保科技资源的优化配置。同时,在厘清科研组织历史发展逻辑的基础上,分析探讨了传统大学到现代大学科研组织的特征变化。从协同创新的视角出发,对现代大学科研组织变革进行了内外部成因分析、相关要素分析,构建了变革的理论模型。本研究在探究现代大学科研组织存在的问题基础上提出了顺应协同创新的现代大学科研组织变革模式,即面向国家重大需求的科研共同体模式、多学科交叉融合的独立组织模式和以虚拟组织为依托的集群模式。本研究的创新点主要包括:一是解释了协同创新对现代大学科研组织带来的影响,即科研组织信念的任务化、科研组织权力的学术化和科研组织结构的柔性化;二是构建了现代大学科研组织变革中组织要素、文化要素和资源要素相互作用的理论模型;三是以信念、权力和工作三个范畴为分析框架提出了现代大学科研组织变革的三种模式。