农村集体经济自上世纪50年代诞生以来,经历了不断深化拓展、发展提升的过程。进入新世纪后,随着工业化、城镇化步伐加快,农村集体产权制度改革成为必然,然而通过农村集体产权制度改革并不一定能够提高集体经济经营效率和经济效益,有效的产权制度只是集体经济发展的前提,法人地位缺失、治理结构失衡、自主发展乏力等问题仍然是制约集体经济持续发展的突出短板。随着市场化改革的深入推进,寻找一种集体经济和市场经济相契合的新型集体经济制度显得尤为重要。本文基于制度变迁理论和委托代理理论,首先利用浙江省农村经营管理统计年报数据对全省村集体经济组织经营和治理现状进行了统计分析,辅以案例说明三会制度这种治理结构和公司化经营这种经营方式对集体经济经营效益的影响。其次利用2045个村抽样调查数据建立双向固定效应模型进行实证检验,并进行模型稳健性检验。最后归纳总结出本文的结论并提出政策建议。本文研究结果表明,治理结构中“成员（代表）大会召开频次”“成员是否股份分红”“社管会有专业经营人员”“经管人员是否有激励机制”“社监会是否参与审计”“社监会是否列席社管会会”以及经营方式中“独资企业经营”“合资企业经营”等变量均对集体经济组织经营效益存在显著正向影响,是提高集体经济组织经营效益的重要因素。基于上述研究结论,本文提出了规范集体经济组织运行、健全市场化经营机制、构建系统完备的村级监督体系和加强对集体经济发展的政策支持等四方面的建议。